SiDock@home

[bossmaniac]

Habe meine Rechner mal auf NNW gesetzt, produzieren fast nur noch:
"Fertig, Bestätigung nicht möglich"
Überprüfung ohne Ergebnis (611) · Gültig (225) · Ungültig (677)

Oh, unschön. Dann werde ich auch mal bremsen bis das gefixed wurde.

[pschoefer]

Inzwischen kamen wieder ein paar frische WUs, die dann auch sauber validiert wurden. Derzeit wird aber noch am Validator gebastelt, weshalb es auch noch nicht allzu viel Nachschub gibt.

[pschoefer]

Seit heute werden WUs zum dritten Bindungsziel verteilt, nämlich einer anderen Bindungsstelle des Proteins PLpro. Zudem wurde der Validator überarbeitet, sodass die Validierungsprobleme von vor einigen Tagen endgültig behoben sein dürften.

Drittes Ziel (corona_PLpro_v2)
Hallo zusammen!

Wir freuen uns, die Arbeit am dritten Bindungsziel anzukündigen: PLpro_v2, das gleiche Protein mit einem anderen katalytisch aktiven Zentrum.
Wir setzen die WU-Erzeugung mit einem neuen Validator fort. Darin wurde eine automatische Ergebnisüberprüfung eingebaut, die zuvor für einige Verzögerungen sorgte.

Vielen Dank für eure Unterstützung des Projekts!
29.01.2021, 11:21:40 MEZ

Originaltext:

Third target (corona_PLpro_v2)
Hello everyone!

We are glad to announce work on the third target: PLpro_v2, the same protein with another catalytic active site.
We resume task generation with a new validator. It was implemented to automate result check which caused some delays before.

Thank you all for supporting the project!
29 Jan 2021, 10:21:40 UTC

[Lajiola]

Wenn ich SIDOCK auf alle Kerne laufen lasse bekomme ich keine Last mehr auf die 5700xt mit moowraper.
Sobald ich einen Task weniger Rechne läuft alles.
Ähnliches Problem bei einer Nvidia GPU.
Keine Ahnung was die Docking Software das verbockt.

[AxelS]

Nein, die Docking Software verbockt da nichts. Es ist ein CPU Kern für den OpenCL-Treiber der Grafikkarte nötig um diese füttern zu können. Das ist generell so. Auch bei anderen Projekten. Da haben wir, die schon lange hier im Forum dabei sind, schon oft festgestellt.

Bei einer ATI-Grafikkarte mußt Du einen ganzen CPU-Kern freihalten, da sonst der Treiber nicht richtig funktioniert. Bei Nvidia auch nur, wenn ein Projekt für die Berechnung auf der Grafikkarte den OpenCL Treiber einsetzt.

[Lajiola]

Kann ich so aber nicht bestätigen, wenn ich 24 Threads auf TN-Grid Berechne oder WCG, gibt es keine Probleme.

[Uwe-Bergstedt]

Amicable Numbers und SiDock zusammen--4CPU und 1gpu--geht auch nicht, bei mir jedenfalls. dann hält 1CPU an und meldet: warten auf Speicher---3Kerne +GPU =kein Problem

Intel(R) Core(TM) i7-7700K CPU @ 4.20GHz [Family 6 Model 158 Stepping 9]
(4 Prozessoren)


NVIDIA GeForce RTX 2080 (4095MB) driver: 461.09 OpenCL: 1.2

[taurec]

Seit heute werden WUs zum dritten Bindungsziel verteilt, nämlich einer anderen Bindungsstelle des Proteins PLpro. Zudem wurde der Validator überarbeitet, sodass die Validierungsprobleme von vor einigen Tagen endgültig behoben sein dürften.
Originaltext:

Jepp, habe bisher keine Probleme mit den neuen WUs.

[bossmaniac]

Jepp, habe bisher keine Probleme mit den neuen WUs.

Ja, das Problem scheint behoben, 759 Gültige, 0 Ungültige/Fehler.

[Urs]

Kann ich so aber nicht bestätigen, wenn ich 24 Threads auf TN-Grid Berechne oder WCG, gibt es keine Probleme.

Nicht alle Projekte lasten die Kerne/Threads in gleicher Weise aus. Ebenso den Speicher.
Wenn Du 24 threads auf TN-Grid laufen hast versteckt sich die Zuarbeit zur GPU nur irgendwo.
Entweder alle wus brauchen etwas länger oder eine wu, auf dessen thread sich die Graka mitbediehnt, dauert deutlich länger als die anderen.

[nexiagsi16v]

Die WUs haben immer noch nur 24h Deadline....das könnte man auch so langsam mal auf 72h oder so erhöhen.

[xii5ku_AT]

Ich wäre nicht überrascht, wenn vor dem 10.2.2021 um 14:15 UTC bezüglich Deadline noch keine "Lockerungen" erlassen werden.

Eine Verbesserung wäre auch, wenn es auch mal nachts durchgängig neue Arbeit gäbe. Oder als schlechtere Alternative dazu ein erheblich größeres Limit an tasks-in-progress pro aktiver CPU. (Man kann natürlich gegen das Limit gegensteuern, aber das wird wohl nicht im Interesse der Projektadministratoren sein.)

[Rainer Baumeister]

Amicable Numbers und SiDock zusammen--4CPU und 1gpu--geht auch nicht, bei mir jedenfalls. dann hält 1CPU an und meldet: warten auf Speicher---3Kerne +GPU =kein Problem

Intel(R) Core(TM) i7-7700K CPU @ 4.20GHz [Family 6 Model 158 Stepping 9]
(4 Prozessoren)


NVIDIA GeForce RTX 2080 (4095MB) driver: 461.09 OpenCL: 1.2

Hi Uwe,
gestern zufällig als Versuch auch mal getestet: 16x SiDock und 1x Ami. 24 von 32 GB RAM verbraucht:
Endlich mal etwas mehr.. :-) Ami treibt bei mir auch die Temp der GPU auf 80. Alle 16 Kerne werden genutzt. Boinc auf 100%
Bis dann, Rainer

[pschoefer]

Die Berechnungen zum vor gut einer Woche begonnenen dritten Bindungsziel (corona_PLpro_v2) sind bereits zu 70% abgeschlossen, ein viertes Ziel steht schon bereit:

Viertes Ziel (corona_RdRp_v1)
Wir freuen uns, das vierte Bindungsziel anzukündigen, corona_RdRp_v1. Dieses Molekül wird in Forschungsarbeiten regelmäßig als potentielles Ziel zur Unterdrückung der Virenvermehrung verwendet. Es handelt sich um die RNA-abhängige RNA-Polymerase (engl. RNA-dependent RNA polymerase, RdRp) von SARS-CoV-2, ein Enzym, welches das Coronavirus SARS-CoV-2 zum Kopieren seines Erbguts und zur Transkription seiner Gene verwendet.
08.02.2021, 9:17:30 MEZ

Originaltext:

Fourth target (corona_RdRp_v1)
We are glad to announce the fourth target, corona_RdRp_v1. This molecule is frequently used in research studies as a potential target to inhibit viral replication. Specifically, it is SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA polymerase (RdRp in short), an enzyme which coronavirus SARS-CoV-2 uses for the replication of its genome and the transcription of its genes.
8 Feb 2021, 8:17:30 UTC

[nexiagsi16v]

Die WU-Versorgung ist leider immer noch unzuverlässig. Man ist nun zu quorum 2 gewechselt.

[xii5ku_AT]

War SiDock nicht schon die ganze Zeit auf einem 2er Quorum?

[nexiagsi16v]

So wie ich das verstanden hab, erst ab target Nr. 4. Darum werden hier wohl auch mehr WUs als wie bei den anderen targets generiert. Wobei aktuell immer noch nix generiert wird...

[xii5ku_AT]

Die WUs des vergangene Woche beendeten 3. Targets haben minimum quorum = 2 und initial replication = 2. Was vorher war, habe ich nicht in Erinnerung; bin ohnehin noch nicht besonders lange dabei.

[nexiagsi16v]

Es gibt wieder WUs, aber deren Laufzeit hat sich verdoppelt oder noch mehr. Checkpoint gibt es wohl immer noch nicht und Deadline ist immer noch 24h. Daher fällt das Projekt nun leider für meinen hin-und-wieder-Cruncher flach. Der läuft einfach nicht oft/lang genug.

*edit: es könnte sein, das sich die Laufzeiterhöhung nur bei Windowsrechner vorliegt.*

[Uwe-Bergstedt]

SiDock@home: SiDock@home becomes a general drug discovery project
Hello everyone!

We are happy to announce that SiDock@home will continue as a general drug discovery project, not limited to coronavirus only! This means that the project will continue for a long time. We aim to develop and incorporate novel methods of drug design and perform drug discovery for different diseases.

Nevertheless, the first mission on fighting the coronavirus continues! There are many results to process and more targets to explore within what started from COVID.SI project.

With best wishes,
Natalia and the team.
27.02.2021 14:06:38 · weiterlesen...

https://www.sidock.si/sidock/forum_thread.php?id=90

https://covid.si/en/

[pschoefer]

In der Übersetzung:

SiDock@home wird ein allgemeines Medikamentenforschungsprojekt
Hallo zusammen!

Wir freuen uns bekanntzugeben, dass SiDock@home als allgemeines Medikamentenforschungsprojekt fortgesetzt wird, nicht nur auf das Coronavirus beschränkt! Das bedeutet, dass das Projekt eine lange Lebensdauer haben wird. Wir planen, neue Methoden der Wirkstoffentwicklung zu entwickeln und einzubauen und Wirkstoffforschung für verschiedene Krankheiten durchzuführen.

Nichtsdestotrotz geht unsere erste Mission im Kampf gegen das Coronavirus weiter! Es sind noch viele Ergebnisse zu verarbeiten und weitere Bindungsziele zu erforschen im Rahmen des von COVID.SI begonnenen Projekts.

Mit freundlichen Grüßen,
Natalia und das Team
27.02.2021, 15:06:38 MEZ

Originaltext:

SiDock@home becomes a general drug discovery project
Hello everyone!

We are happy to announce that SiDock@home will continue as a general drug discovery project, not limited to coronavirus only! This means that the project will continue for a long time. We aim to develop and incorporate novel methods of drug design and perform drug discovery for different diseases.

Nevertheless, the first mission on fighting the coronavirus continues! There are many results to process and more targets to explore within what started from COVID.SI project.

With best wishes,
Natalia and the team.
27 Feb 2021, 14:06:38 UTC