Seite 4 von 4 Erste ... 2 3 4
Ergebnis 76 bis 89 von 89

Thema: SiDock@home

  1. Avatar von pschoefer
    Titel
    Esel

    Bewertung

    Registriert am
    07.07.2007

    Ort
    Osterode / Göttingen

    Beiträge
    15.986

    Danke
    Danke gesagt 156   Danke erhalten 1.746

    #76

    Standard Angriff auf die Poren in der Hülle von SARS-CoV-2

    Nach Abschluss der laufenden Arbeit an RNA-abhängiger RNA-Polymerase (RdRp) steht das Hüllprotein (Eprot) von SARS-CoV-2 als nächstes Ziel bereit, genauer die aus jeweils fünf dieser Proteine gebildeten Poren in der Virushülle. Ein ausführlicher Artikel über dieses Protein findet sich im Blog der Coronavirus Structural Task Force.

    SARS-CoV-2-Hüllprotein ist das fünfte Bindungsziel
    Unser fünftes Bindungsziel ist das Hüllprotein. Wir haben eine emotionale Beziehung zu diesem Protein, weil wir in der Frühphase unseres Projekts erforscht haben, wie gut es als potentielles Bindungsziel für Wirkstoffe gegen Covid-19 geeignet ist.

    Mit einer Kettenlänge von nur 75 Aminosäuren ist das Hüllprotein (engl. envelope protein, E) das kleinste der vier Strukturproteine, die SARS-CoV-2-Partikel ausmachen, und es ist unentbehrlich für die Fähigkeit des Virus, Zellen zu infizieren. Aufgrund von Daten anderer Coronaviren vermuten Forscher, dass Gruppen aus fünf E-Proteinen Poren in der Lipiddoppelschicht der Virushülle bilden. Es gibt jedoch keinen direkten Beweis dafür, weil die Strukturcharakterisierung von Membran-überspannenden Proteinen mit den am häufigsten verwendeten Verfahren - Röntgenkristallographie und Kryoelektronenmikroskopie - schwierig ist. Die Gruppe von Mei Hong am Massachusetts Institute of Technology hat stattdessen Kernspinresonanzspektroskopie verwendet, um die Struktur des E-Proteins aufzulösen und die Porenbildung zu bestätigen (in Nature Structural & Molecular Biology (2020), DOI: 10.1038/s41594-020-00536-8, engl.). Die Gruppe hat auch untersucht, wie zwei Wirkstoffe, Amantadin und Hexamethylenamilorid, an die Pore binden und sie blockieren können. Obwohl diese Wirkstoffe nur schwach an die Pore binden, sagen die Forscher, dass neue Strukturinformationen bei der Entwicklung von Wirkstoffen gegen das Virus helfen könnten.

    In unserem virtuellen Hochdurchsatz-Screening (engl. High-throughput virtual screening, HTVS) werden wir eine Milliarde kleiner Moleküle auf die Pore des E-Protein-Pentamers ansetzen. Wir hoffen, ein paar schöne Moleküle zu finden, welche die Pore blockieren können.
    19.03.2021, 22:50:22 MEZ

    Originaltext:
    Zitat Zitat von https://www.sidock.si/sidock/forum_thread.php?id=97
    Fifth Target is SARS-CoV-2 EProtein
    Our fifth target is the E protein. We are emotionally attached to this protein because we explored its druggability in the early days of our project in the context of Covid.

    At only 75 amino acids long, the envelope protein (E) is the smallest of the four structural proteins that make up the SARS-CoV-2 virus particle, and it is essential for the virus to infect cells. Data from other coronaviruses led researchers to suspect that groups of five E proteins form a pore that spans the lipid bilayer membrane of the virus. However, there was no direct evidence because the structural characterization of membrane-spanning proteins is difficult with the most commonly used techniques - X-ray crystallography and cryo-electron microscopy. Mei Hong's group at the Massachusetts Institute of Technology instead used nuclear magnetic resonance spectroscopy to solve the structure of the E protein and confirm pore formation (Nat. Struct. Mol. Biol. 2020, DOI: 10.1038/s41594-020-00536-8). The group also investigated how two drugs, amantadine, and hexamethylene amiloride, can bind to and block the pore. Although these drugs only bind weakly to the pore, the researchers say the new structural information could help in the development of drugs that target the virus.

    In our HTVS, we will screen 1 billion of the small molecules to the pore of the E protein pentamer. We hope to find some nice molecules that can block the pore ;-)
    19 Mar 2021, 21:50:22 UTC
    Gruß
    Patrick

    "Zusammenkommen ist ein Beginn, Zusammenbleiben ein Fortschritt, Zusammenarbeiten ein Erfolg." [H. Ford]


  2. Titel
    Full Member

    Bewertung

    Registriert am
    11.01.2018

    Ort
    TeAm AnandTech

    Beiträge
    218

    Danke
    Danke gesagt 2   Danke erhalten 0

    #77

    Standard

    Die neuen Arbeitseinheiten dauern zurzeit ungefähr 4-mal so lange wie diejenigen des vorigen Targets.

    Allerdings setzt der BOINC-Server immer noch den geschätzten Rechenaufwand der Arbeitseinheiten (<rsc_fpops_est> und <rsc_fpops_bound>) auf dieselben Werte wie zuvor. Dadurch vertut sich der Client bezüglich Fortschrittsanzeige und bezüglich des Einreihens dieser Aufgaben in seiner Warteschlange — bis mehrere der neuen Aufgaben abgearbeitet wurden und der geschätzte <flops>-Wert der Anwendungsversion auf dem Host sich entsprechend angepasst hat.

    Auf Hosts, die ausschließlich SiDock@home rechnen, ist das zunächst nur unter seltenen Umständen ein Problem. Wenn der Host aber in mehreren Projekten aktiv ist, könnte er vielleicht etwas spät mit der SiDock-Arbeit anfangen. Aber auch das ist nicht wirklich ein gravierendes Problem, denn wenn die Reporting-Deadline überschritten wird, wird ja das Ergebnis immer noch gewertet, sofern nicht schon 2 andere valide Ergebnisse von schnelleren Hosts eingegangen waren.

    - - - Aktualisiert - - -

    Die neuesten Tasks haben jetzt 48 h Deadline, statt der bisherigen 24 h.
    Geändert von xii5ku_AT (21.03.2021 um 09:00 Uhr) Grund: Update

  3. Avatar von Uwe-Bergstedt
    Titel
    ist hier zu Hause

    Bewertung

    Registriert am
    05.04.2008

    Beiträge
    2.640

    Danke
    Danke gesagt 206   Danke erhalten 35

    #78

    Standard

    Zitat Zitat von xii5ku_AT Beitrag anzeigen
    Die neuen Arbeitseinheiten dauern zurzeit ungefähr 4-mal so lange wie diejenigen des vorigen Targets.

    Allerdings setzt der BOINC-Server immer noch den geschätzten Rechenaufwand der Arbeitseinheiten (<rsc_fpops_est> und <rsc_fpops_bound>) auf dieselben Werte wie zuvor. Dadurch vertut sich der Client bezüglich Fortschrittsanzeige und bezüglich des Einreihens dieser Aufgaben in seiner Warteschlange — bis mehrere der neuen Aufgaben abgearbeitet wurden und der geschätzte <flops>-Wert der Anwendungsversion auf dem Host sich entsprechend angepasst hat.

    Auf Hosts, die ausschließlich SiDock@home rechnen, ist das zunächst nur unter seltenen Umständen ein Problem. Wenn der Host aber in mehreren Projekten aktiv ist, könnte er vielleicht etwas spät mit der SiDock-Arbeit anfangen. Aber auch das ist nicht wirklich ein gravierendes Problem, denn wenn die Reporting-Deadline überschritten wird, wird ja das Ergebnis immer noch gewertet, sofern nicht schon 2 andere valide Ergebnisse von schnelleren Hosts eingegangen waren.

    - - - Aktualisiert - - -

    Die neuesten Tasks haben jetzt 48 h Deadline, statt der bisherigen 24 h.
    die DEADLINE für dein KleinCruncher des Monats Februar Interview ist auch so gut wie ABGELAUFEN


  4. Titel
    Full Member

    Bewertung

    Registriert am
    11.01.2018

    Ort
    TeAm AnandTech

    Beiträge
    218

    Danke
    Danke gesagt 2   Danke erhalten 0

    #79

    Standard

    Zitat Zitat von xii5ku_AT Beitrag anzeigen
    wenn die Reporting-Deadline überschritten wird, wird ja das Ergebnis immer noch gewertet, sofern nicht schon 2 andere valide Ergebnisse von schnelleren Hosts eingegangen waren.
    PS: ...theoretisch. Kommt sicherlich auf die genaue Konfiguration des Validators an.

  5. Avatar von MiauiKatze
    Titel
    Neuling

    Bewertung

    Registriert am
    04.04.2020

    Ort
    Oberösterreich

    Beiträge
    37

    Danke
    Danke gesagt 0   Danke erhalten 0

    #80

    Standard

    Wenn die Informationen im SG-Eiki aktuell sind, sind einige Teams am überholen. Ist das noch aktuell?

  6. Avatar von No_Name
    Titel
    ist hier zu Hause

    Bewertung

    Registriert am
    27.01.2017

    Ort
    Emsland

    Beiträge
    3.324

    Danke
    Danke gesagt 72   Danke erhalten 54

    #81

    Standard

    Es ist als Formular Boinc Sprint ausgewählt worden, daher sind die anderen Teams aktuell schneller als wir.
    MfG No_Name alias trebotuet
    Zitat Zitat von shka Beitrag anzeigen
    PS: Ich gehe davon aus, dass du uns keine der Lösung dienlichen Hinweise aus dem Meldungs-Log verschweigst, nur um den Schwierigkeitsgrad der Lösungsfindung künstlich zu erhöhen.
    Der Rechenknecht . . . . . . . . . Stats . . . . . . . . . Badges

  7. Avatar von Flaeminger
    Titel
    Senior Member

    Bewertung

    Registriert am
    10.08.2007

    Ort
    Hochfläming

    Beiträge
    467

    Danke
    Danke gesagt 11   Danke erhalten 34

    #82

    Standard

    .. und immer noch keinen Checkpoint!
    Oder mache ich was falsch?
    Rechenzeit z.Z. bei mir über 8 Stunden (ist nur gut für WuProp)
    Trotzdem interessant, wie schnell das abgearbeitet wird

    PS:
    Wir sind übrigens achte im Sprint geworden

  8. Avatar von taurec
    Titel
    ist hier zu Hause

    Bewertung

    Registriert am
    30.06.2008

    Ort
    Allerorten

    Beiträge
    4.149

    Danke
    Danke gesagt 222   Danke erhalten 55

    #83

    Standard

    Zitat Zitat von Flaeminger Beitrag anzeigen
    .. und immer noch keinen Checkpoint!
    Oder mache ich was falsch?
    Rechenzeit z.Z. bei mir über 8 Stunden (ist nur gut für WuProp)
    Trotzdem interessant, wie schnell das abgearbeitet wird

    PS:
    Wir sind übrigens achte im Sprint geworden
    Checkpoints gibt es nicht ... leider.

  9. Avatar von No_Name
    Titel
    ist hier zu Hause

    Bewertung

    Registriert am
    27.01.2017

    Ort
    Emsland

    Beiträge
    3.324

    Danke
    Danke gesagt 72   Danke erhalten 54

    #84

    Standard

    Bei einer WU Laufzeit von einer Stunde fande ich es auch nicht schlimm, aber bei den aktuellen ist es doch nervig.
    MfG No_Name alias trebotuet
    Zitat Zitat von shka Beitrag anzeigen
    PS: Ich gehe davon aus, dass du uns keine der Lösung dienlichen Hinweise aus dem Meldungs-Log verschweigst, nur um den Schwierigkeitsgrad der Lösungsfindung künstlich zu erhöhen.
    Der Rechenknecht . . . . . . . . . Stats . . . . . . . . . Badges

  10. Avatar von AxelS
    Titel
    Gold Member

    Bewertung

    Registriert am
    28.12.2007

    Beiträge
    1.917

    Danke
    Danke gesagt 237   Danke erhalten 0

    #85

    Standard

    Die Deadline wurde bei dem jetzt laufendem Traget auf 72 Stunden erhöht (3 Tage). Auch die Länge der WUs wurde verlängert, laufen einige Stunden bis sie fertig sind...

  11. Avatar von nexiagsi16v
    Titel
    Gold Member

    Bewertung

    Registriert am
    05.12.2014

    Beiträge
    2.311

    Danke
    Danke gesagt 22   Danke erhalten 0

    #86

    Standard

    Mit der Laufzeit und ohne Checkpoints, lohnt das nur noch für 24/7 Maschinen. Da wird ihnen einiges an Rechenpower veloren gehen.
    Ciao Norman

    Ryzen 5 3600 @4GHz, 3x RX 5700, 32GB DDR4//FX8370 @4GHz, 16GB DDR3 1600, RX 470 + R9 270X// Dauercruncher i3 8300, 8GB RAM // Läppi B940 @2GHz

  12. Avatar von HJL
    Titel
    Gold Member

    Bewertung

    Registriert am
    19.12.2009

    Ort
    weit im Süden

    Beiträge
    2.170

    Danke
    Danke gesagt 62   Danke erhalten 24

    #87

    Standard

    Zitat Zitat von nexiagsi16v Beitrag anzeigen
    Mit der Laufzeit und ohne Checkpoints, lohnt das nur noch für 24/7 Maschinen. Da wird ihnen einiges an Rechenpower veloren gehen.
    na ja, mit virtuellen Maschinen kannst noch arbeiten, aber grundsätzlich geb ich dir natürlich schon recht !
    bin übrigens für die mir noch fehlenden 2 Mio Credits gerade wieder mit drauf ....
    hl


  13. Titel
    Full Member

    Bewertung

    Registriert am
    11.01.2018

    Ort
    TeAm AnandTech

    Beiträge
    218

    Danke
    Danke gesagt 2   Danke erhalten 0

    #88

    Standard

    Mir fällt gerade auf: Knapp daneben ist auch vorbei. ;-)

    Klicken Sie auf die Grafik für eine größere Ansicht 

Name:	sidock.jpg 
Hits:	29 
Größe:	14,9 KB 
ID:	7565

  14. Avatar von No_Name
    Titel
    ist hier zu Hause

    Bewertung

    Registriert am
    27.01.2017

    Ort
    Emsland

    Beiträge
    3.324

    Danke
    Danke gesagt 72   Danke erhalten 54

    #89

    Standard

    Ihr könnt ja noch einen Sprint hinlegen
    MfG No_Name alias trebotuet
    Zitat Zitat von shka Beitrag anzeigen
    PS: Ich gehe davon aus, dass du uns keine der Lösung dienlichen Hinweise aus dem Meldungs-Log verschweigst, nur um den Schwierigkeitsgrad der Lösungsfindung künstlich zu erhöhen.
    Der Rechenknecht . . . . . . . . . Stats . . . . . . . . . Badges

Berechtigungen

  • Neue Themen erstellen: Nein
  • Themen beantworten: Nein
  • Anhänge hochladen: Nein
  • Beiträge bearbeiten: Nein
  •  
Single Sign On provided by vBSSO