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Thema: SiDock@home

  1. Avatar von pschoefer
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    #76

    Standard Angriff auf die Poren in der Hülle von SARS-CoV-2

    Nach Abschluss der laufenden Arbeit an RNA-abhängiger RNA-Polymerase (RdRp) steht das Hüllprotein (Eprot) von SARS-CoV-2 als nächstes Ziel bereit, genauer die aus jeweils fünf dieser Proteine gebildeten Poren in der Virushülle. Ein ausführlicher Artikel über dieses Protein findet sich im Blog der Coronavirus Structural Task Force.

    SARS-CoV-2-Hüllprotein ist das fünfte Bindungsziel
    Unser fünftes Bindungsziel ist das Hüllprotein. Wir haben eine emotionale Beziehung zu diesem Protein, weil wir in der Frühphase unseres Projekts erforscht haben, wie gut es als potentielles Bindungsziel für Wirkstoffe gegen Covid-19 geeignet ist.

    Mit einer Kettenlänge von nur 75 Aminosäuren ist das Hüllprotein (engl. envelope protein, E) das kleinste der vier Strukturproteine, die SARS-CoV-2-Partikel ausmachen, und es ist unentbehrlich für die Fähigkeit des Virus, Zellen zu infizieren. Aufgrund von Daten anderer Coronaviren vermuten Forscher, dass Gruppen aus fünf E-Proteinen Poren in der Lipiddoppelschicht der Virushülle bilden. Es gibt jedoch keinen direkten Beweis dafür, weil die Strukturcharakterisierung von Membran-überspannenden Proteinen mit den am häufigsten verwendeten Verfahren - Röntgenkristallographie und Kryoelektronenmikroskopie - schwierig ist. Die Gruppe von Mei Hong am Massachusetts Institute of Technology hat stattdessen Kernspinresonanzspektroskopie verwendet, um die Struktur des E-Proteins aufzulösen und die Porenbildung zu bestätigen (in Nature Structural & Molecular Biology (2020), DOI: 10.1038/s41594-020-00536-8, engl.). Die Gruppe hat auch untersucht, wie zwei Wirkstoffe, Amantadin und Hexamethylenamilorid, an die Pore binden und sie blockieren können. Obwohl diese Wirkstoffe nur schwach an die Pore binden, sagen die Forscher, dass neue Strukturinformationen bei der Entwicklung von Wirkstoffen gegen das Virus helfen könnten.

    In unserem virtuellen Hochdurchsatz-Screening (engl. High-throughput virtual screening, HTVS) werden wir eine Milliarde kleiner Moleküle auf die Pore des E-Protein-Pentamers ansetzen. Wir hoffen, ein paar schöne Moleküle zu finden, welche die Pore blockieren können.
    19.03.2021, 22:50:22 MEZ

    Originaltext:
    Zitat Zitat von https://www.sidock.si/sidock/forum_thread.php?id=97
    Fifth Target is SARS-CoV-2 EProtein
    Our fifth target is the E protein. We are emotionally attached to this protein because we explored its druggability in the early days of our project in the context of Covid.

    At only 75 amino acids long, the envelope protein (E) is the smallest of the four structural proteins that make up the SARS-CoV-2 virus particle, and it is essential for the virus to infect cells. Data from other coronaviruses led researchers to suspect that groups of five E proteins form a pore that spans the lipid bilayer membrane of the virus. However, there was no direct evidence because the structural characterization of membrane-spanning proteins is difficult with the most commonly used techniques - X-ray crystallography and cryo-electron microscopy. Mei Hong's group at the Massachusetts Institute of Technology instead used nuclear magnetic resonance spectroscopy to solve the structure of the E protein and confirm pore formation (Nat. Struct. Mol. Biol. 2020, DOI: 10.1038/s41594-020-00536-8). The group also investigated how two drugs, amantadine, and hexamethylene amiloride, can bind to and block the pore. Although these drugs only bind weakly to the pore, the researchers say the new structural information could help in the development of drugs that target the virus.

    In our HTVS, we will screen 1 billion of the small molecules to the pore of the E protein pentamer. We hope to find some nice molecules that can block the pore ;-)
    19 Mar 2021, 21:50:22 UTC
    Gruß
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    #77

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    Die neuen Arbeitseinheiten dauern zurzeit ungefähr 4-mal so lange wie diejenigen des vorigen Targets.

    Allerdings setzt der BOINC-Server immer noch den geschätzten Rechenaufwand der Arbeitseinheiten (<rsc_fpops_est> und <rsc_fpops_bound>) auf dieselben Werte wie zuvor. Dadurch vertut sich der Client bezüglich Fortschrittsanzeige und bezüglich des Einreihens dieser Aufgaben in seiner Warteschlange — bis mehrere der neuen Aufgaben abgearbeitet wurden und der geschätzte <flops>-Wert der Anwendungsversion auf dem Host sich entsprechend angepasst hat.

    Auf Hosts, die ausschließlich SiDock@home rechnen, ist das zunächst nur unter seltenen Umständen ein Problem. Wenn der Host aber in mehreren Projekten aktiv ist, könnte er vielleicht etwas spät mit der SiDock-Arbeit anfangen. Aber auch das ist nicht wirklich ein gravierendes Problem, denn wenn die Reporting-Deadline überschritten wird, wird ja das Ergebnis immer noch gewertet, sofern nicht schon 2 andere valide Ergebnisse von schnelleren Hosts eingegangen waren.

    - - - Aktualisiert - - -

    Die neuesten Tasks haben jetzt 48 h Deadline, statt der bisherigen 24 h.
    Geändert von xii5ku_AT (21.03.2021 um 09:00 Uhr) Grund: Update

  3. Avatar von Uwe-Bergstedt
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    #78

    Standard

    Zitat Zitat von xii5ku_AT Beitrag anzeigen
    Die neuen Arbeitseinheiten dauern zurzeit ungefähr 4-mal so lange wie diejenigen des vorigen Targets.

    Allerdings setzt der BOINC-Server immer noch den geschätzten Rechenaufwand der Arbeitseinheiten (<rsc_fpops_est> und <rsc_fpops_bound>) auf dieselben Werte wie zuvor. Dadurch vertut sich der Client bezüglich Fortschrittsanzeige und bezüglich des Einreihens dieser Aufgaben in seiner Warteschlange — bis mehrere der neuen Aufgaben abgearbeitet wurden und der geschätzte <flops>-Wert der Anwendungsversion auf dem Host sich entsprechend angepasst hat.

    Auf Hosts, die ausschließlich SiDock@home rechnen, ist das zunächst nur unter seltenen Umständen ein Problem. Wenn der Host aber in mehreren Projekten aktiv ist, könnte er vielleicht etwas spät mit der SiDock-Arbeit anfangen. Aber auch das ist nicht wirklich ein gravierendes Problem, denn wenn die Reporting-Deadline überschritten wird, wird ja das Ergebnis immer noch gewertet, sofern nicht schon 2 andere valide Ergebnisse von schnelleren Hosts eingegangen waren.

    - - - Aktualisiert - - -

    Die neuesten Tasks haben jetzt 48 h Deadline, statt der bisherigen 24 h.
    die DEADLINE für dein KleinCruncher des Monats Februar Interview ist auch so gut wie ABGELAUFEN


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    #79

    Standard

    Zitat Zitat von xii5ku_AT Beitrag anzeigen
    wenn die Reporting-Deadline überschritten wird, wird ja das Ergebnis immer noch gewertet, sofern nicht schon 2 andere valide Ergebnisse von schnelleren Hosts eingegangen waren.
    PS: ...theoretisch. Kommt sicherlich auf die genaue Konfiguration des Validators an.

  5. Avatar von MiauiKatze
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    #80

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    Wenn die Informationen im SG-Eiki aktuell sind, sind einige Teams am überholen. Ist das noch aktuell?

  6. Avatar von No_Name
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    #81

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    Es ist als Formular Boinc Sprint ausgewählt worden, daher sind die anderen Teams aktuell schneller als wir.
    MfG No_Name alias trebotuet
    Zitat Zitat von shka Beitrag anzeigen
    PS: Ich gehe davon aus, dass du uns keine der Lösung dienlichen Hinweise aus dem Meldungs-Log verschweigst, nur um den Schwierigkeitsgrad der Lösungsfindung künstlich zu erhöhen.
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  7. Avatar von Flaeminger
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    #82

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    .. und immer noch keinen Checkpoint!
    Oder mache ich was falsch?
    Rechenzeit z.Z. bei mir über 8 Stunden (ist nur gut für WuProp)
    Trotzdem interessant, wie schnell das abgearbeitet wird

    PS:
    Wir sind übrigens achte im Sprint geworden

  8. Avatar von taurec
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    #83

    Standard

    Zitat Zitat von Flaeminger Beitrag anzeigen
    .. und immer noch keinen Checkpoint!
    Oder mache ich was falsch?
    Rechenzeit z.Z. bei mir über 8 Stunden (ist nur gut für WuProp)
    Trotzdem interessant, wie schnell das abgearbeitet wird

    PS:
    Wir sind übrigens achte im Sprint geworden
    Checkpoints gibt es nicht ... leider.

  9. Avatar von No_Name
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    #84

    Standard

    Bei einer WU Laufzeit von einer Stunde fande ich es auch nicht schlimm, aber bei den aktuellen ist es doch nervig.
    MfG No_Name alias trebotuet
    Zitat Zitat von shka Beitrag anzeigen
    PS: Ich gehe davon aus, dass du uns keine der Lösung dienlichen Hinweise aus dem Meldungs-Log verschweigst, nur um den Schwierigkeitsgrad der Lösungsfindung künstlich zu erhöhen.
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  10. Avatar von AxelS
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    #85

    Standard

    Die Deadline wurde bei dem jetzt laufendem Traget auf 72 Stunden erhöht (3 Tage). Auch die Länge der WUs wurde verlängert, laufen einige Stunden bis sie fertig sind...

  11. Avatar von nexiagsi16v
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    #86

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    Mit der Laufzeit und ohne Checkpoints, lohnt das nur noch für 24/7 Maschinen. Da wird ihnen einiges an Rechenpower veloren gehen.
    Ciao Norman

    Ryzen 5 3600 @4GHz, 3x RX 5700, 32GB DDR4//FX8370 @4GHz, 16GB DDR3 1600, RX 470 + R9 270X// Dauercruncher i3 8300, 8GB RAM // Läppi B940 @2GHz

  12. Avatar von HJL
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    #87

    Standard

    Zitat Zitat von nexiagsi16v Beitrag anzeigen
    Mit der Laufzeit und ohne Checkpoints, lohnt das nur noch für 24/7 Maschinen. Da wird ihnen einiges an Rechenpower veloren gehen.
    na ja, mit virtuellen Maschinen kannst noch arbeiten, aber grundsätzlich geb ich dir natürlich schon recht !
    bin übrigens für die mir noch fehlenden 2 Mio Credits gerade wieder mit drauf ....
    hl


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    #88

    Standard

    Mir fällt gerade auf: Knapp daneben ist auch vorbei. ;-)

    Klicken Sie auf die Grafik für eine größere Ansicht 

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  14. Avatar von No_Name
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    #89

    Standard

    Ihr könnt ja noch einen Sprint hinlegen
    MfG No_Name alias trebotuet
    Zitat Zitat von shka Beitrag anzeigen
    PS: Ich gehe davon aus, dass du uns keine der Lösung dienlichen Hinweise aus dem Meldungs-Log verschweigst, nur um den Schwierigkeitsgrad der Lösungsfindung künstlich zu erhöhen.
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  15. Avatar von pschoefer
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    #90

    Standard ein halbes Jahr, ein neuer Server und vorausgeworfene Schatten

    SiDock@home ist nun ein halbes Jahr alt, wird sich kommende Woche noch beim BOINC Workshop präsentieren und bereitet rechtzeitig für ein Großereignis den Umzug auf einen neuen Server vor. Zur Vorbereitung dieses Umzugs werden vorübergehend keine neuen WUs verteilt.

    Ein halbes Jahr, der BOINC Workshop und ein Umzug auf einen neuen Server
    Hallo zusammen!

    Heute feiern wir sechs Monate SiDock@home. Vielen Dank für eure starke Unterstützung! Lasst uns den aktuellen Stand zusammenfassen:

    Wissenschaft. Wir führen die Nachbearbeitung der erhaltenen Ergebnisse und gleichzeitig das virtuelle Screening für das fünfte Bindungsziel durch. Nachdem wir bereits Ergebnisse für einige Bindungsziele haben, konzentrieren wir uns auf die viralen Proteasen und sind dabei, physische Proben von chemischen Verbindungen für Tests im Nasslabor zu beschaffen. Wir werden das Projekt am 28. April beim BOINC Workshop (engl.) vorstellen. Die Veranstaltung beginnt um 18:00 MESZ, unser Vortrag um 18:40 MESZ.

    Gesellschaft. Die Organisatoren des BOINC Pentathlon haben SiDock@home als diesjähriges Marathon-Projekt ausgewählt. Die Marathon-Disziplin wird am 30. April bekanntgegeben und läuft zwei Wochen vom 5. bis einschließlich 18. Mai.

    Technisches. Vor dem BOINC Pentathlon planen wir, auf einen neuen physischen Server umzuziehen. Die Projektadresse wird gleich bleiben. Aber wir werden die Erzeugung neuer Aufgaben anhalten und das Projekt wird 1-2 Tage nicht erreichbar sein. Wir werden außerdem so bald wie möglich Checkpoints einbauen.

    Liebe Grüße,
    das SiDock@home-Team
    23.04.2021, 11:19:03 MEZ

    Originaltext:
    Zitat Zitat von https://www.sidock.si/sidock/forum_thread.php?id=114
    Half a year, the BOINC Workshop and a move to the new server
    Hello all!

    Today we celebrate six months of SiDock@home. Thank you for lots of support! Let us summarize the current state:

    Science. We are post-processing the obtained results and simultaneously performing virtual screening for the 5th target. With results obtained for several targets, we focus on viral proteases and are in the phase of getting physical samples of compounds for wet-lab testing. We will present the project at the BOINC Workshop on April 28. The event starts at 09:00 PDT / 12:00 EDT / 18:00 CEST / 19:00 EEST, our talk is at +00:40.

    Society. The BOINC Pentathlon team selected SiDock@home as this year's Marathon project. The Marathon discipline is announced on 30 April and runs for two weeks from 05 through 18 May.

    Technicals. Before the BOINC Pentathlon, we plan to move to a new physical server. The URL will stay the same. But we stop generating tasks and the project will be unavailable for 1-2 days. Also, we are implementing checkpoints as soon as possible.

    Best wishes,
    SiDock@home team
    23 Apr 2021, 10:19:03 UTC
    Gruß
    Patrick

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    #91

    Standard

    Zitat Zitat von pschoefer Beitrag anzeigen
    ein halbes Jahr, ein neuer Server und vorausgeworfene Schatten
    Diese Vorausverschattung ist UPF-50+-zertifiziert nach DIN EN 13758-2.


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    #92

    Standard

    Spoiler-Alarm


    Zitat Zitat von pschoefer Beitrag anzeigen

    Gesellschaft. Die Organisatoren des BOINC Pentathlon haben SiDock@home als diesjähriges Marathon-Projekt ausgewählt. Die Marathon-Disziplin wird am 30. April bekanntgegeben und läuft zwei Wochen vom 5. bis einschließlich 18. Mai.



  18. Avatar von No_Name
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    #93

    Standard

    Ist der Umzug nun eigentlich abgeschlossen?

    Konnte im Projektforum nichts finden.
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  19. Avatar von pschoefer
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    #94

    Standard

    Eine vollständige Vollzugsmeldung gab es noch nicht, aber das Projekt läuft inzwischen auf dem neuen Server.
    Gruß
    Patrick

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  20. Avatar von nexiagsi16v
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    #95

    Standard

    Gibt eine neue Anwendungsvariante "CurieMarieDock on BOINC + zipped input". Schienbar noch im Probiertmodus, da aktuell nur 3 WUs auf dem Server. Ich hoffe sie versuchen es nicht wärend des Pentathlon zu entbuggen.
    Ciao Norman

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  21. Avatar von No_Name
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    #96

    Standard

    Gibt es mittlerweile zufällig Checkpoints?
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  22. Avatar von taurec
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    #97

    Standard

    Zitat Zitat von No_Name Beitrag anzeigen
    Gibt es mittlerweile zufällig Checkpoints?
    nix gemerkt bisher von Checkpoints ....

  23. Avatar von Urs
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    #98

    Standard

    Laufzeit und Punkte erhöht. Mag aber an der aktuellen config liegen.

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