SiDock@home

[[SG] Dirk Heinemann]

47 Kernchen / Threads bei mir jetzt.
Müssen noch ein paar mithelfen, um da zum dritten Platz zu kommen

Edit: jetzt 50

Ich kann leider nur 3 Kerne beisteuern.

[taurec]

Viele Pendings lösen sich ja auch mit anderen Bunkern auf
Für die Quote ist es hilfreich, sich ausreichend WUs bis zum Ende zu holen.

Wie soll das denn gehen? Bekomme auf dem 5950x maximal 128 Aufgaben, wenn ich mich nicht irre, auch wenn ich die Anzahl der ncpus auf 256 setze.

Also ohne Einsatz von Instanzen oder VMs.

Sorry, vergesst das mal, inzwischen habe ich 375 WUs auf der Kiste bei ncpus=512.

- - - Aktualisiert - - -

Ich kann leider nur 3 Kerne beisteuern.

Jeder Kern zählt

[Gaucho]

Was ist da denn los? Ich führe unser Team mal an Hätte ich nie gedacht
Aber wo sind denn unsere Großcruncher, wird wieder für ein großes Feuerwerk am Ende gebunkert?

[No_Name]

Du musst jetzt mit gutem Beispiel vorangehen.

[ID4]

Wie soll das denn gehen? Bekomme auf dem 5950x maximal 128 Aufgaben, wenn ich mich nicht irre, auch wenn ich die Anzahl der ncpus auf 256 setze.

Also ohne Einsatz von Instanzen oder VMs.

Sorry, vergesst das mal, inzwischen habe ich 375 WUs auf der Kiste bei ncpus=512.

Jeder Kern zählt

Es gibt wohl 2 WU pro Kern.

Damit solltest du mit deiner Einstellung ncpus=512 bis auf 1024 WU im Puffer kommen.

[taurec]

Wir haben derzeit knapp 600000 Cr, bis zum dritten Platz fehlen fast 800000 Punkte

[walli]

Keine Panik auf der Titanic, schön weitercrunchen...

[walli]

Ich musste etwas entbunkern, daher wird in der nächsten Stunde ein kleiner Schub zu sehen sein.

Update:

Oh, den Schub gab es bereits zu sehen; ich habe nicht auf die Aktualisierungsintervalle bei BOINCstats geachtet.

[Handicap SG-FC]

Ich hatte ja so eine Ahnung, mal sehen was noch so kommt.

[Handicap SG-FC]

Und Kollegen geht da noch was ??

Wer hat noch nicht, wer will nochmal so langsam wird es eng

[pschoefer]

Und Kollegen geht da noch was ??

Die Antwort lautet ja.

[Handicap SG-FC]

Knappe Kiste

Gratz ans Team für den Dritten Platz

[ID4]

Punktlandung

[walli]

Joah, dieses Mal wurde mir auch schon mulmig, ob es wieder klappen würde... Aber:

[xii5ku_AT]

Soso, während sich TeAm AnandTech sinnlos verausgabt, um Planet 3DNow! hinterher zu hecheln, machen die bequemen SETI.Germanen nur genau das Erforderliche, um mal eben so ein Badge abzugreifen. :-)

[Handicap SG-FC]

Soso, während sich TeAm AnandTech sinnlos verausgabt, um Planet 3DNow! hinterher zu hecheln, machen die bequemen SETI.Germanen nur genau das Erforderliche, um mal eben so ein Badge abzugreifen. :-)

Die hatten ganz schön Schiss vor Euch bzw. Dir

https://forum.planet3dnow.de/index.p...3/post-5372225

So muss das die Gegner müssen zittern

[pschoefer]

Das Projekt wird in nächster Zeit einen weiteren Angriffspunkt an der 3C-ähnlichen Protease (auch: Hauptprotease) von SARS-CoV-2 untersuchen und dafür -wie vor einigen Wochen schon einmal- die Berechnungen zum Hüllprotein unterbrechen. Entsprechend sind wieder kürzere WUs zu erwarten.

Neuntes Bindungsziel
Liebe Teilnehmer,

wir haben ein neues Bindungsziel auf Basis der 3C-ähnlichen Protease (engl. 3C-like protease, 3CLpro) mit einem anderen allosterischen Zentrum. Es wurde von Jelena Tošović (Slowenien) identifiziert.
Die Ergebnisse werden den Satz ergänzen, der gute Chancen auf baldmöglichste Labortests hat. Wir werden wieder zeitweise die Berechnungen für Bindungsziel 5 anhalten.

Mit besten Grüßen,
das SiDock@home-Team
13.11.2021, 10:39:16 MEZ

Originaltext:

Ninth target
Dear participants,

we have a new target which bases on 3CLpro protein with another allosteric site. It was identified by Jelena Tošović (Slovenia).
The results will complement the set with good chances for lab testing as soon as possible. We will again temporarily pause processing of Target 5.

With best wishes,
Team SiDock@home
13 Nov 2021, 9:39:16 UTC

[pschoefer]

Das zehnte Bindungsziel wurde angekündigt und ist sehr eng mit dem neunten verwandt, weshalb die vorherige Meldung überarbeitet wurde. Die übersetzte Neufassung:

Neuntes und zehntes Bindungsziel
Liebe Teilnehmer,

wir haben ein neues Bindungsziel an einem neuen allosterischen Zentrum der Hauptprotease von SARS-CoV-2. Das Zentrum wurde mit der MixMD-Methode [1] am College of Pharmacy der University of Michigan entdeckt. Bei der Vorbereitung des Bindungsziels hat Jelena Tošović (Slowenien) geholfen.

Die beiden nächsten Bindungsziele und die Ergebnisse werden die mittels Röntgenuntersuchung von Sebastian Günther et al. [2] identifizierten allosterischen Zentren ergänzen. Für diese Bindungsziele bestehen gute Chancen auf baldige Tests im Nasslabor und weitere experimentelle Unterstützung.

(Wir werden wieder zeitweise die Berechnungen zu Bindungsziel 5 unterbrechen)

Mit besten Grüßen,
das SiDock@home-Team

[1] Phani Ghanakota and Heather A. Carlson "Moving Beyond Active-Site Detection: MixMD Applied to Allosteric Systems" (Über die Erkennung aktiver Zentren hinaus: Anwendung von MixMD auf allosterische Systeme). The Journal of Physical Chemistry B 2016 120 (33), 8685-8695. DOI: 10.1021/acs.jpcb.6b03515 (engl.)
[2] Sebastian Günther et al. "X-ray screening identifies active site and allosteric inhibitors of SARS-CoV-2 main protease" (Röntgenuntersuchung identifiziert aktive Zentren und allosterische Hemmstoffe der Hauptprotease von SARS-CoV-2). Science 2021 372 (6542), 642-646. DOI: 10.1126/science.abf7945 (engl.)
20.11.2021, 12:19:45 MEZ


Außerdem wird eine neue Anwendungsversion verteilt, die unter anderem das Problem der oft fälschlich auf 100% springenden Fortschrittsanzeige behebt. Diese wird automatisch bei der Zuteilung neuer WUs heruntergeladen, sofern nicht (mittels app_info.xml) explizit eine andere Version erzwungen wird.

Veröffentlichung CmDock v0.1.4
Liebe Gemeinschaft. Eine neue Version von CmDock ist fertig. Die CmDock-Version 0.1.4 enthält Korrekturen beim Speichern von Zwischenständen und der Fortschrittsanzeige sowie Unterstützung für komprimierte Ein- und Ausgabe mit cmzip. Die neue CmDock-Version beinhaltet außerdem ein aktualisiertes SDF-Tools-Submodul, das den Forschenden mit Unterstützung großer Molekülbibliotheken bei der Bearbeitung von Ein- und Ausgabedateien helfen soll.

Auch die Anwendung für BOINC wurde aktualisiert. Das Team arbeitet hart und wird CmDock auch in der Zukunft engagiert unterstützen. Danke!

Marko & Natalia
21.11.2021, 18:10:00 MEZ


Originaltexte:

Ninth and tenth targets
Dear participants,

We have a new target which resides at a novel allosteric site on SARS-CoV-2 main protease. The site was identified by MixMD method [1] with collaboration at College of Pharmacy, University of Michigan. Target preparation was helped by Jelena Tošović (Slovenia).

The two upcoming targets and results will complement the allosteric sites identified with X-ray screening by Sebastian Günther et al. [2]. The targets have good chances for wet-lab testing as soon as possible and further experimental support.

(We will again temporarily pause processing of Target 5)

With best wishes,
Team SiDock@home

[1] Phani Ghanakota and Heather A. Carlson. Moving Beyond Active-Site Detection: MixMD Applied to Allosteric Systems. The Journal of Physical Chemistry B 2016 120 (33), 8685-8695. DOI: 10.1021/acs.jpcb.6b03515
[2] Sebastian Günther et al. X-ray screening identifies active site and allosteric inhibitors of SARS-CoV-2 main protease. Science 2021 372 (6542), 642-646. DOI: 10.1126/science.abf7945
20 Nov 2021, 11:19:45 UTC

Release CmDock v 0.1.4
Dear community. New release of CmDock was prepared. The v0.1.4 of CmDock incorporates fixed checkpointing and progress bar patch along with support for compressed input and output via cmzip. New CmDock release also includes an Updated SDF-Tools submodule that should help the userbase manipulate input/output files with support for large molecular libraries.

Along with the new release, BOINC client is up to date also. The team is working hard and we are committed to support CmDock in the future. Thank You!

Marko & Natalia
21 Nov 2021, 17:10:00 UTC

[pschoefer]

Das Projekt weist auf eine von Studierenden der National University of Science and Technology (MISiS) in Moskau durchgeführte Umfrage (in englischer Sprache) zur Motivation von Rechenzeitspendern hin. Achtung: Zwischenergebnisse sind nach Eingabe der Antworten sichtbar, inklusive bei der letzten Frage angegebener E-Mail-Adressen; wer eine nicht ohnehin weithin bekannte E-Mail-Adresse verwendet, sollte dieses Feld daher vielleicht besser leer lassen.

Umfrage zu Volunteer-Computing-Projekten
Hallo zusammen,

Studierende, die sich mit Volunteer Computing beschäftigen, führen eine Umfrage durch. Die Fragen sollen die Motivation der Teilnehmer erforschen. Wenn ihr wollt und etwas Zeit habt, teilt eure Meinungen unter https://forms.gle/tcLYdtoeVfMMREPE7 (engl.) mit. Die Ergebnisse werden ausgewertet und der Öffentlichkeit vorgestellt. Vielen Dank!

Mit besten Grüßen,
das SiDock@home-Team
24.11.2021, 12:51:31 MEZ

Originaltext:

A poll about distributed computing projects
Dear all,

there is a poll created by students who investigate volunteer computing. The questions aim to explore the motivation of participants. If you wish and have a minute, please express your opinion at https://forms.gle/tcLYdtoeVfMMREPE7. The results will be analyzed and presented to the public. Thank you!

With best wishes,
Team of SiDock@home
24 Nov 2021, 11:51:31 UTC

[pschoefer]

Die aktuellen Berechnungsserien zum Hüllprotein und der Hauptprotease sind nahezu abgeschlossen, als nächstes widmet sich das Projekt dem Stachel- oder Spike-Protein der Delta-Variante von SARS-CoV-2.

Bindungsziel 11 - Sprot_delta_v1
Liebe Teilnehmer,

wir setzen die Berechnungen unablässig fort. Wir stoßen nun zu einer Serie von Proteasestudien zur Erforschung eines neuen Bindungsziels vor, der rezeptorbindenden Domäne (RBD) der mit ACE2 interagierenden Oberfläche des Stachel-Proteins (Sprot). Dies ist das vieldiskutierte Stachel-Protein, das auch zur Benennung des Coronavirus geführt hat. Wir konzentrieren uns hierbei auf das Stachel-Protein der Delta-Variante (B.1.617.2), speziell eine kryoelektronenmikroskopische Struktur des Stachel-Proteins mit einer RBD in "up"-Anordnung. In vergleichenden Variantenstudien werden wir versuchen herauszufinden, ob es eine besondere Unterscheidung beim Binden kleiner Liganden gibt. Dies könnte uns helfen, diese Oberfläche mit Protein-Protein-Interaktionen in weiteren Studien besser zu verstehen oder sogar kleine Sondenmoleküle zur Erforschung dieser Interaktionen zu entwickeln.
Vielen Dank euch allen und wir freuen uns auf zukünftige gemeinsame Studien!

Mit besten Grüßen,
das SiDock@home-Team
10.02.2022, 14:45:49 MEZ

Originaltext:

Target 11 - Sprot_delta_v1
Dear Participants,

We continue diligently with the calculations. Now we are breaking through a series of protease studies to explore a new target, the RBD (receptor-binding domain) Sprot domain surface interacting with ACE2. This is the much-discussed spike protein that also contributed to the naming of coronavirus. We focus here on Sprot from the delta variant (B.1.617.2), specifically a Cryo-EM structure of Sprot with an RBD in up conformation. In comparative variant studies, we will try to determine if there is a specific discrimination upon binding of small ligands. This may help us better understand this PPI surface in further studies and even develop a small molecule probes to study these interactions.
Thank You all and we look forward to future studies together!

With best wishes,
Team SiDock@home
10 Feb 2022, 13:45:49 UTC

[pschoefer]

Das Projekt (und das auf demselben Server laufende RakeSearch) wird am Montag, den 14. Februar, eine Pause zwecks Festplattenaufrüstung einlegen.

Technische Wartung am 14. Februar
Hallo zusammen,

am 14. Februar wird der Projektserver im Zeitraum von etwa 9:00 bis 21:00 MEZ für Wartungsarbeiten abgeschaltet. Wir werden die Festplatten aufrüsten, um höhere Last bewältigen zu können.

Alles Gute,
das SiDock@home-Team
11.02.2022, 14:50:35 MEZ

Originaltext:

Technical maintenance on February 14th
Dear all,

On February 14th, for about 08:00-20:00 UTC, the project server will be shut down for maintenance. We will upgrade hard drives to support larger loads.

All the best,
Team SiDock@home
11 Feb 2022, 13:50:35 UTC

[pschoefer]

Auch heute wird es im gleichen Zeitfenster wie gestern noch eine Wartungspause geben:

Technische Wartung am 15. Februar
Hallo! Weitere mehrstündige Wartungsarbeiten am Server sind am 15. Februar geplant, etwa zwischen 9:00 und 21:00 MEZ.
15.02.2022, 8:01:45 MEZ

Originaltext:

Technical maintenance on February 15th
Hello! Additional server maintenance planned on February 15th, for several hours. Approx. 08:00-20:00 UTC.
15 Feb 2022, 7:01:45 UTC

[pschoefer]

Es sei noch nachgetragen, dass die Arbeiten am Server sich zwar länger hinzogen als angekündigt, aber schließlich doch erfolgreich abgeschlossen wurde, sodass SiDock@home (und, auch wenn nicht explizit vermeldet, natürlich auch RakeSearch) inzwischen wieder in Betrieb sind.

Das Projekt ist online!
Liebe Teilnehmer!

Die Aufrüstungsarbeiten sind abgeschlossen. Projektdatenbank und -Webseite sowie die Verarbeitung von Anfragen an den Server sind auf ein Paar gespiegelter SSDs umgezogen, die Dateien zu den WUs und hochgeladene Ergebnisse werden (wie bisher) auf gespiegelten klassischen Festplatten gespeichert.

Danke für eure Aufmerksamkeit und Teilnahme!
17.02.2022, 14:54:21 MEZ

Originaltext:

The project is online!
Dear participants!

The work by upgrade is completed. Project database, website and request processing migrated on pair of mirrored SSD, workunit files (as previously) and uploaded results placed on mirrored HDD.

Thank you for attention and participation!
17 Feb 2022, 13:54:21 UTC

[pschoefer]

Laut aktuellem Lagebericht entwickelt sich das Projekt sehr positiv. Sobald die kürzlich begonnenen Berechnungen zur SARS-CoV-2-NSP14-Methyltransferase abgeschlossen sind, wird auch die frühere Ankündigung mit Leben gefüllt, dass das Projekt auch andere Krankheitserreger erforschen möchte. Außerdem sind auch wieder Anwendungen für Macs und 64-Bit-ARM geplant.

Projektstatus im März 2022
Liebe SiDock@home-Gemeinschaft,

hier sind einige Neuigkeiten zu unserer Arbeit. Dieses internationale wissenschaftliche Pharmaforschungsprojekt ist auf gutem Wege, seinen ersten Meilenstein bei der experimentellen Unterstützung der gedockten Verbindungen zu erreichen. Wir arbeiten hart an der Datenverarbeitung und wissenschaftlichen Kollaborationen, die uns helfen können, mit unseren vorgeschlagenen Verbindungen weiterzukommen. In naher Zukunft werden wir eine wissenschaftliche Zusammenfassung schreiben, damit ihr das verfolgen könnt.

Dieses internationale Pharmaforschungsprojekt ist ein wunderbares Beispiel für Gemeinschaft, Bürgerwissenschaften, Zusammenarbeit und Beiträgen zum Bereich der medizinischen Chemie mit dem obersten Ziel, zu unser aller Wohlbefinden beizutragen. Wir sind im Herzen bei euch allen!

Wir danken euch auch für die Hilfe und Unterstützung, die uns antreibt. Derzeit befinden sich unsere Server in Russland und Slowenien. Dies ermöglicht uns eine einfachere Aufgabenverteilung und Sicherung der Ergebnisse, und wir hoffen, in Zukunft einen dritten Standort mit zusätzlicher Hardware hinzuzufügen. Aufgrund der Nachfrage aus der Gemeinschaft planen wir auch offizielle Mac- und ARM64-Unterstützung für die zugrundeliegende CmDock-Software.

Darüber hinaus machen wir mit einem neuen Bindungsziel weiter, immer noch am SARS-CoV-2-Erreger, nämlich NSP14. Es besteht aus der N-terminalen Domäne der Exonuklease, die bei der Fehlerkorrektur eine Rolle spielt, und der C-terminalen Domäne der Guanin-N7-Methyltransferase (N7-MTase), die beim mRNA-Capping wirkt und auf die wir uns jetzt konzentrieren.

Wenn dieses Bindungsziel abgeschlossen ist, werden wir uns einem möglichen therapeutischen Bindungsziel am Ebola-Virus widmen, um danach wieder auf SARS-CoV-2 zurückzukommen.

Wir bleiben diesem Pharmaforschungsprojekt und der Netzgemeinschaft verpflichtet, hoffen, es zu erweitern, und freuen uns darauf, in Zukunft neue Moleküle und Verbundmechanismen zu bearbeiten und zu entdecken.

Viel Gesundheit, Glück und Friede sei mit euch!
Marko Jukic
14.03.2022, 14:58:39 MEZ

Originaltext:

Project status: March 2022
Dear SiDock@home community,

Here is an update on our work. This international scientific drug discovery project is well on its way towards its first milestone of experimental support for the docked compounds. We are working hard towards data processing and scientific collaborations that can help us take our proposed compounds further. In the near future, we will prepare a scientific write-up for You to follow.

This international drug discovery project is a wonderful example of community, citizen science, teamwork, and contributing to the field of medicinal chemistry with the ultimate goal of contributing to the wellbeing of us all. Our heart goes out to all!

We also thank You for the help and support that keeps us going. Currently, our servers reside in Russia and Slovenia. This enables us easier task allocation and backup of the results and we hope to add a third location with additional hardware in the future. Due to the community request, we also plan to add official Mac and ARM64 support for the underlying CmDock software.

Moreover, we are continuing with a new target, still from the SARS-CoV-2 pathogen, namely nsp14. It consists of the N-terminal ExoN domain involved in proofreading and the C-terminal guanine N7 methyl transferase (N7-MTase) domain that functions in mRNA capping and on the latter we are focusing on now.

After this target is complete, we are turning our attention towards one potential therapeutic target of the Ebola viral pathogen to return back to SARS-CoV-2 after that target will be complete.

We are committed to this drug discovery project and the online community, hope to expand and we look forward to working and discovering new molecules and compound mechanisms of action in the future.

All health, luck, and peace to all!
Marko Jukic
14 Mar 2022, 13:58:39 UTC

[pschoefer]

Gut zwei Monate nach dem letzten Lagebericht gab es nun eine kleine Aktualisierung. Anders als geplant ging es dann doch erstmal mit SARS-CoV-2 weiter, das aktuelle Bindungsziel ist die Methyltransferase NSP16. Im Hintergrund wird an Veröffentlichungen auf Basis der bisherigen Ergebnisse gearbeitet.

Projektstatus im Mai 2022
Hallo zusammen,

mit eurer Hilfe haben wir bereits 15 Bindungsziele bearbeitet! Das ist eine riesige Rechenarbeit, deren Ergebnisse von unserem Team und unseren Kollegen verarbeitet werden. Wir arbeiten an zwei Artikeln, die so früh wie möglich der Öffentlichkeit zugänglich gemacht werden. Wir setzen auch die Berechnungen für die nächsten Bindungsziele fort. Im März, April und Mai bewegte sich die Projektleistung um 250 TeraFLOPS herum. Wir haben dies genutzt, um die SARS-CoV-2-Bindungsziele gegenüber anderer Forschung zu priorisieren. Am Ende des Frühlings 2022 haben wir 6426 aktive Teilnehmer mit 4493 Rechnern.

Mit freundlichen Grüßen,
Natalia und das SiDock@home-Team
31.05.2022, 20:44:33 MEZ

Originaltext:

Project status: May 2022
Dear all,

with your help, we have processed 15 targets already! It is a huge computational work, the results of which are being processed by our team and colleagues. We are working on two papers which will be available to the public as early as possible. We also continue computations for next targets. During March, April and May, project's performance was fluctuating around 250 Teraflops. We took this advantage to prioritize SARS-CoV-2 targets on top of the other research. At the end of spring 2022, we are 6426 active participants with 4493 computers.

With best wishes,
Natalia and the team of SiDock@home
31 May 2022, 19:44:33 UTC