Seite 9 von 9 Erste ... 7 8 9
Ergebnis 201 bis 208 von 208

Thema: SiDock@home

  1. #201

    Standard

    Zitat Zitat von pschoefer Beitrag anzeigen
    Am Ende des Frühlings 2022 haben wir 6426 aktive Teilnehmer mit 4493 Rechnern.
    Kann das SO sein?

  2. Avatar von Uwe-Bergstedt
    Titel
    Full Member

    Bewertung

    Registriert am
    15.04.2022

    Beiträge
    123

    Danke
    Danke gesagt 4   Danke erhalten 0

    #202

    Standard

    laut : Status der Berchnungen:

    Benutzer --With credit --6430

    Computer--With credit-- 27703

  3. Avatar von Urs
    Titel
    Gold Member

    Bewertung

    Registriert am
    05.02.2017

    Ort
    NRW

    Beiträge
    1.606

    Danke
    Danke gesagt 22   Danke erhalten 28

    #203

    Standard

    Zitat Zitat von [SG aktiv] Autofuzzy Beitrag anzeigen
    Kann das SO sein?
    crunchgruppe

  4. #204

    Standard


  5. Avatar von pschoefer
    Titel
    Esel

    Bewertung

    Registriert am
    07.07.2007

    Ort
    Granada

    Beiträge
    17.117

    Danke
    Danke gesagt 163   Danke erhalten 1.824

    #205

    Standard begrenzte WU-Verfügbarkeit in nächster Zeit

    Die Berechnungen für das derzeitige Bindungsziel (Dihydroorotat-Dehydrogenase, DHODH) nähern sich dem Ende. Da für die folgende WU-Serie recht große Ergebnisdateien erwartet werden, wird deren Verteilung etwas ausgebremst, sodass in nächster Zeit nicht ständig WUs verfügbar sein werden.

    Zeitweise Nichtverfügbarkeit von WUs
    Liebe Teilnehmer,

    wenn die letzten WUs für Bindungsziel 20 (corona_DHODH_v1) verschickt sind, beginnen wir ein Experiment mit einem der bereits bearbeiteten Bindungsziele, aber mit neuen Parametern. Die Ergebnisse dieser WUs werden groß sein und wir werden die Erzeugung neuer WUs bremsen, um die Belastung der Netzwerkinfrastruktur zu verringern. Es wird häufig keine WUs geben.

    Danke für eure Unterstützung des Projekts!
    25.10.2022, 00:25:21 MEZ

    Originaltext:
    Zitat Zitat von https://www.sidock.si/sidock/forum_thread.php?id=214
    Temporarily work unavailabilities
    Dear participants, after sending last tasks for target 20 (corona_DHODH_v1) we will start the experiment with one of already processed targets but with new parameters. Results for this tasks will be large and we will slow down the creation of new tasks for reducing load on network infrastructure. Often there will be no tasks.

    Thank you for project support!
    24 Oct 2022, 23:25:21 UTC
    Gruß
    Patrick

    "Zusammenkommen ist ein Beginn, Zusammenbleiben ein Fortschritt, Zusammenarbeiten ein Erfolg." [H. Ford]

  6. Avatar von pschoefer
    Titel
    Esel

    Bewertung

    Registriert am
    07.07.2007

    Ort
    Granada

    Beiträge
    17.117

    Danke
    Danke gesagt 163   Danke erhalten 1.824

    #206

    Standard wieder bessere WU-Verfügbarkeit dank neuem Bindungsziel

    Nachgereicht sei eine Meldung zu einem neuen Bindungsziel, nämlich der transmembranen Serinprotease 2 (TMPRSS2), welche eine Rolle beim Eindringen des Coronavirus SARS-CoV-2 in die Wirtszelle spielen kann. Dank dieser neuen Berechnungen ist auch der vorübergehende Engpass bei der WU-Versorgung vorerst aufgelöst.

    Bindungsziel 21: corona_TMPRSS2_v1
    Liebe Teilnehmer,

    TMPRSS2 ist eine Typ-II-Transmembranprotease mit breiter Expression in Epithelzellen der menschlichen Atem- und Verdauungstrakte. Es ist ein Kofaktor beim Eindringen von SARS-CoV-2 und aktiviert die viralen Proteine. TMPRSS2 spaltet nämlich das virale Stachel-Protein, um das Fusionspeptid für das Eindringen in die Zelle freizulegen. Wir untersuchen daher TMPRSS2 als aussichtsreiche Strategie zum Blockieren einer Virusinfektion mittels auf den Wirt gerichteter Therapie und/oder Prophylaxe. Diese Arbeit ist auch Teil einer größeren Forschungskampagne zur Hemmung von viralen und Wirtsproteasen.

    Mit freundlichen Grüßen,
    das SiDock@home-Team
    17.11.2022, 14:21:56 MEZ


    Der Vollständigkeit halber sei auch der Hinweis des Projekts auf eine englischsprachige Umfrage zu BOINC nachgereicht, auch wenn es in der Vergangenheit schon seriösere Umfragen gegeben hat:

    BOINC Census 2022, werdet gezählt!
    BOINC Census ist eine jährliche Befragung um herauszufinden, wer BOINC benutzt, was sie daran mögen und welche Veränderungen sie in Zukunft sehen wollen. Das Ausfüllen der Umfrage ist ein guter Weg, dieses Projekt und die breitere BOINC-Gemeinschaft zu unterstützen und eure Meinung zu künftigen Bug-Bounty-Aktionen zu äußern. Die Befragung wird von der Science Commons Initiative durchgeführt und die Ergebnisse werden nach Ende der Befragung in gesammelter und anonymisierter Form veröffentlicht. Bitte nehmt euch 5 Minuten Zeit, um die Umfrage auf https://app.fillout.com/flow/esDGuRswWfus (engl.) auszufüllen.
    17.11.2022, 14:24:51 MEZ


    Originaltexte:
    Zitat Zitat von https://www.sidock.si/sidock/forum_thread.php?id=216
    Target 21: corona_TMPRSS2_v1
    Dear Participants,

    TMPRSS2 is a type II transmembrane protease with broad expression in epithelial cells of the respiratory and gastrointestinal human tracts. It is a cofactor in SARS-CoV-2 entry, and primes viral proteins. Namely, TMPRSS2 cleaves the viral Spro to expose the fusion peptide for cell entry. We are therefore examining TMPRSS2 as a promising strategy to block viral infection in a host-directed therapeutic and/or prophylactic manner. This work is also a a part of larger viral-host protease inhibition study campaign.

    With best wishes,
    Team SiDock@home
    17 Nov 2022, 13:21:56 UTC
    Zitat Zitat von https://www.sidock.si/sidock/forum_thread.php?id=217
    BOINC Census 2022, be counted!
    The BOINC Census is a yearly effort aimed at finding out who uses BOINC, what they like about it, and what changes they want to see in the future. Filling out the census is a great way to support this project, the wider BOINC community, and have your input heard for future bug bounties. The census is sponsored by the Science Commons Initiative, and the results will be published in an aggregate, anonymized fashion at the completion of the census. Please take 5 minutes to fill out the census at https://app.fillout.com/flow/esDGuRswWfus
    17 Nov 2022, 13:24:51 UTC
    Gruß
    Patrick

    "Zusammenkommen ist ein Beginn, Zusammenbleiben ein Fortschritt, Zusammenarbeiten ein Erfolg." [H. Ford]

  7. Avatar von pschoefer
    Titel
    Esel

    Bewertung

    Registriert am
    07.07.2007

    Ort
    Granada

    Beiträge
    17.117

    Danke
    Danke gesagt 163   Danke erhalten 1.824

    #207

    Standard bildliche Darstellung aktueller Berechnungen

    An dieser Stelle sei ein Weihnachts- und Neujahrsgruß des Projektteams übersetzt. Dazu gab es eine bildliche Darstellung der kürzlich begonnenen Berechnungen zur transmembranen Serinprotease 2 (TMPRSS2).

    Frohe Weihnachten!
    Liebe Teilnehmer,

    wir wünschen euch frohe Weihnachten und ein frohes neues Jahr!

    Mit eurer Hilfe haben wir eine Menge Computermodelle berechnet. Wir werden damit fortfahren und glauben, dass die Ergebnisse zu Fortschritten bei der Arzneimittelentwicklung führen werden! Wir haben nun eine brandneue CmDock-Version (engl.) und werden diese ab dem nächsten Bindungsziel verwenden. Anbei ist eine Darstellung der mit diesem Projekt durchgeführten Modellierungen angefügt, visualisiert mit PyMOL (engl.). Ihr könnt ein großes Molekül (das ist das Bindungsziel, das TMPRSS2-Protein) zusammen mit einem um Größenordnungen kleineren Molekül sehen. Die kleinen Moleküle sind Liganden, jedes davon kann mit dem Bindungsziel auf seine eigene Weise und mit einer spezifischen Bindungsenergie interagieren.

    Je genauer die Liganden an das Bindungsziel andocken, desto größer ist die Wahrscheinlichkeit, dass sie dadurch die Funktionsweise des großen Moleküls verändern können. So wird beispielsweise das im Bild gezeigte Enzym TMPRSS2 für eine chemische Reaktion gebraucht, die dem Coronavirus Zutritt zu den Körperzellen verschafft, und eine Substanz, welche die normale Funktion dieses Enzyms unterdrücken kann, könnte somit die Ausbreitung des Coronavirus erschweren oder verhindern. Während der auf euren Rechnern durchgeführten Modellierung werden verschiedene Liganden aus einer Bibliothek ausprobiert und die besten werden für die nächsten Stufen der Arzneimittelentwicklung ausgewählt.

    Alles Gute,
    Natalia, Marko, hoarfrost, Črtomir


    24.12.2022, 18:13:03 MEZ

    Originaltext:
    Zitat Zitat von https://www.sidock.si/sidock/forum_thread.php?id=222
    Merry Christmas!
    Dear participants,

    We wish you a merry Christmas and a happy New Year!

    With your help, we have performed a lot of computer modeling. We are going to continue, and believe the results will lead to advances in drug development! For now, we have a fresh new release of CmDock and will employ it starting from the next target. Here is an illustration of the modeling performed in the project, visualized with PyMOL. You can see a large molecule (this is the target, TMPRSS2 protein) with a molecule many times smaller. The small molecules are ligands, each of them can interact with the target in its own way, with its own binding energy.

    The more precisely the ligand binds to the target, the higher the chance that it will be able to change the functioning of the large molecule. For example, the TMPRSS2 enzyme shown in the image is necessary for a chemical reaction allowing the coronavirus to enter the body cells and, accordingly, a substance that can suppress the normal operation of this enzyme can make it difficult or block the spread of the coronavirus in it. During the modeling performed on your computers, various ligands from the library are tested, and the best ones are selected to process on next stages of drug development.

    All the best,
    Natalia, Marko, hoarfrost, Črtomir

    [img]
    24 Dec 2022, 17:13:03 UTC
    Geändert von pschoefer (03.01.2023 um 16:52 Uhr)
    Gruß
    Patrick

    "Zusammenkommen ist ein Beginn, Zusammenbleiben ein Fortschritt, Zusammenarbeiten ein Erfolg." [H. Ford]

  8. Avatar von pschoefer
    Titel
    Esel

    Bewertung

    Registriert am
    07.07.2007

    Ort
    Granada

    Beiträge
    17.117

    Danke
    Danke gesagt 163   Danke erhalten 1.824

    #208

    Standard kürzere WUs für ARM-CPUs und neues Bindungsziel

    Seit einigen Tagen kann in den Projekteinstellungen zwischen langen (long tasks) und kurzen WUs (short tasks) gewählt werden. Die kurzen WUs richten sich explizit an langsamere Einplatinenrechner und sind daher ausschließlich für Linux auf ARM-CPUs verfügbar.

    СmDock-Anwendungen für lange und kurze WUs
    Liebe Teilnehmer!

    Wir haben neue Anwendungen namens CurieMarieDock 0.2.0 long tasks und CurieMarieDock 0.2.0 short tasks erstellt, die beide auf der CmDock-Version 0.2.0 (engl.) basieren. Der Algorithmus beider Anwendungen ist identisch, aber für short tasks haben wir nur die ARM-Version erstellt und planen spezielle, fünfmal kleinere WUs zu erzeugen, welche einen Teil des gesamten Aufgabensatzes abdecken. Wir empfehlen allen Besitzern von kleinen Einplatinenrechnern wie Raspberry Pi, diese short tasks-Anwendung auszuwählen.

    In den nächsten ein, zwei Tagen werden wir weiterhin neue Sprot_delta_v1-WUs (erweiterter Durchlauf) für beide Anwendungen erzeugen, aber später werden wir eine Stichprobe von Aufgaben für ein neues Bindungsziel (#22) verteilen und diese nur als long tasks, weil alle Aufgaben dieser Stichprobe groß sein werden. Gleichzeitig wird das Projekt weiterhin Sprot_delta_v1-WUs als short tasks verschicken. Und dann werden wir weiter lange und kurze WUs für die jeweiligen Anwendungen verschicken.

    Wir hoffen, dass diese Erklärung die Situation klarstellt.

    Danke für eure Teilnahme und CPU-Zeit-Spenden!
    14.01.2023, 00:35:04 MEZ


    Zum genannten Bindungsziel #22 gibt es inzwischen genauere Informationen. Es geht um ein Enzym, das vor zwei Jahren schon einmal behandelt wurde.

    Bindungsziel #22: corona_RdRp_v2
    Liebe Teilnehmer,

    nach ersten Untersuchungen des anerkannten SARS-CoV-2-Ziels RNA-abhängige RNA-Polymerase (engl. RNA-dependent RNA polymerase, RdRp) verlassen wir die Protease-Untersuchungen und konzentrieren uns auf RdRp zusammen mit weiteren Nichtstrukturproteinen (NSP). RdRp (NSP12) ist nämlich für die Transkription der Gene des Virus und letztlich die Reproduktion des Virusgenoms verantwortlich. Die untersuchte Stelle bindet RNA und wurde zuvor im Zusammenhang mit Remdesivir, Galidesivir, Molnupiravir und einigen anderen kleinen Molekülen untersucht. Weiterführende Literatur:



    Abbildung 1: RdRp (weiß) zusammen mit einer RNA-Kette und N4-Hydroxycytidin von Molnupiravir in der aktiven Bindungsstelle (rotes Stäbchenmodell).

    Mit besten Grüßen,
    Natalia, Marko, Črtomir, hoarfrost
    15.01.2023, 18:45:23 MEZ


    Originaltexte:
    Zitat Zitat von https://www.sidock.si/sidock/forum_thread.php?id=225
    СmDock "long" and "short" tasks applications
    Dear participants!

    We created new applications named as "CurieMarieDock 0.2.0 long tasks" and "CurieMarieDock 0.2.0 short tasks", both based on CmDock 0.2.0 release. Algorithm of both applications are identical, but for "short tasks" we created only ARM-version and we plan to generate a special, smaller in 5 times tasks that covers one of part of entire tasks set. We advice all owners of small single-board computers like Raspberry Pi, to switch to "short tasks" application.

    In next 1 .. 2 days we continue to generate new tasks "Sprot_delta_v1" (extended run) for both application, but later we issue a sample tasks set for new target (# 22) and only for "long application" because all task of sample set will be large. Simultaneously, project will continue to send Sprot_delta_v1 tasks for "short" application. And then we will proceed to sent long and short tasks for appropriate applications.

    Hope that this explanation makes situation is clear.

    Thank you for participation and donation of CPU time!
    13 Jan 2023, 23:35:04 UTC
    Zitat Zitat von https://www.sidock.si/sidock/forum_thread.php?id=229
    Target # 22: corona_RdRp_v2
    Dear participants,

    After doing initial studies on an established SARS-CoV-2 target RNA dependent RNA polymerase (RdRp), we are departing from protease studies and focus on RdRp along with additional NSP targets. Namely, RdRp (NSP12), is responsible for the transcription of viral genes and ultimately replication of the viral genome. The studied active site binds RNA and was previously studied in the context of remdesivir, galidesivir, molnupiravir and several other small molecules. Further reading below:


    [ img ]
    Figure 1: RdRp in white color along with RNA chain and N4-hydroxycytidine from Molnupiravir in the active site (red stick model).

    With best wishes,
    Natalia, Marko, Črtomir, hoarfrost.
    15 Jan 2023, 17:45:23 UTC
    Gruß
    Patrick

    "Zusammenkommen ist ein Beginn, Zusammenbleiben ein Fortschritt, Zusammenarbeiten ein Erfolg." [H. Ford]

Berechtigungen

  • Neue Themen erstellen: Nein
  • Themen beantworten: Nein
  • Anhänge hochladen: Nein
  • Beiträge bearbeiten: Nein
  •  
Single Sign On provided by vBSSO