Seite 1 von 3 1 2 3 Letzte
Ergebnis 1 bis 25 von 52

Thema: SiDock@home

  1. Avatar von pschoefer
    Titel
    Esel

    Bewertung

    Registriert am
    07.07.2007

    Ort
    Osterode / Göttingen

    Beiträge
    15.872

    Danke
    Danke gesagt 155   Danke erhalten 1.724

    #1

    Standard SiDock@home

    Das Team hinter RakeSearch hat mit SiDock@home test eine BOINC-kompatible Erweiterung des slowenischen Projekts COVID.SI aufgesetzt, das nach Liganden für SARS-CoV-2 sucht. Anwendungen sind derzeit für die 64-Bit-Varianten von Windows (benötigt Visual C++ 2019 Redistributable für Visual Studio 2019) und Linux verfügbar, die WU-Versorgung ist noch nicht stetig (es steht nicht umsonst test im Projektnamen).

    Projekt-Adresse: http://188.68.219.141/sidocktest/
    Teambeitritt: http://188.68.219.141/sidocktest/tea..._form.php?id=8

    Zur Anmeldung über die Projektseite wird der dort genannte Einladungscode Crunch_4Science benötigt.
    Gruß
    Patrick

    "Zusammenkommen ist ein Beginn, Zusammenbleiben ein Fortschritt, Zusammenarbeiten ein Erfolg." [H. Ford]

  2. Avatar von Urs
    Titel
    Gold Member

    Bewertung

    Registriert am
    05.02.2017

    Ort
    NRW

    Beiträge
    1.243

    Danke
    Danke gesagt 18   Danke erhalten 28

    #2

    Standard

    Habe folgende Meldung erhalten:

    sidocktest: Notice from BOINC
    This project is using an old URL. When convenient, remove the project, then add https://fightcovid.boinc.ru/sidocktest/
    07.11.2020 21:42:43

    .ru ist Russland. Also kein Slovenisches Projekt mehr?

    Bis jetzt unter win10 nur Errors!


  3. Titel
    Junior Member

    Bewertung

    Registriert am
    17.06.2012

    Beiträge
    76

    Danke
    Danke gesagt 4   Danke erhalten 0

    #3

    Standard

    Zitat Zitat von Urs Beitrag anzeigen
    Habe folgende Meldung erhalten:

    sidocktest: Notice from BOINC
    This project is using an old URL. When convenient, remove the project, then add https://fightcovid.boinc.ru/sidocktest/
    07.11.2020 21:42:43

    .ru ist Russland. Also kein Slovenisches Projekt mehr?

    Bis jetzt unter win10 nur Errors!
    Das Boinc-Projekt wrapped ja nur das original Projekt und denke das original Projekt ist in Slowenien und die Betreiber des Boinc Projekts kommen aus Russland.

    Die Berechnungsfehler kommen wahrscheinlich deswegen:
    Windows application requires the Microsoft Visual C++ Redistributable for Visual Studio 2019.


  4. Titel
    Full Member

    Bewertung

    Registriert am
    31.03.2020

    Beiträge
    146

    Danke
    Danke gesagt 0   Danke erhalten 0

    #4

    Standard

    Ich habe einige SiDock@home WU gerechnet aber in boincstats wird es nicht angezeigt. Fehler hatte ich keine alles gut unter Windows 10 gelaufen.
    Intel Core i7-9700K, GTX 1660 Super, 32GB DDR4 - Raspberry Pi 4 - boincstats - Join World Community Grid

  5. Avatar von HJL
    Titel
    Gold Member

    Bewertung

    Registriert am
    19.12.2009

    Ort
    weit im Süden

    Beiträge
    2.162

    Danke
    Danke gesagt 62   Danke erhalten 24

    #5

    Standard

    Zitat Zitat von DerLetzteGermane Beitrag anzeigen
    Ich habe einige SiDock@home WU gerechnet aber in boincstats wird es nicht angezeigt. Fehler hatte ich keine alles gut unter Windows 10 gelaufen.
    ist in BOINC-Stats und Free-DC noch nicht integriert ..
    hl

  6. Avatar von pschoefer
    Titel
    Esel

    Bewertung

    Registriert am
    07.07.2007

    Ort
    Osterode / Göttingen

    Beiträge
    15.872

    Danke
    Danke gesagt 155   Danke erhalten 1.724

    #6

    Standard

    Die Betreiber der Stats-Seiten wissen schon Bescheid, das Projekts exportiert aber schlicht noch keine XML-Stats, die sie abrufen könnten. Das wird sich erst ändern, wenn der Testbetrieb abgeschlossen ist.
    Gruß
    Patrick

    "Zusammenkommen ist ein Beginn, Zusammenbleiben ein Fortschritt, Zusammenarbeiten ein Erfolg." [H. Ford]


  7. Titel
    Full Member

    Bewertung

    Registriert am
    31.03.2020

    Beiträge
    146

    Danke
    Danke gesagt 0   Danke erhalten 0

    #7

    Standard

    Thanks for the update.
    Intel Core i7-9700K, GTX 1660 Super, 32GB DDR4 - Raspberry Pi 4 - boincstats - Join World Community Grid

  8. Avatar von pschoefer
    Titel
    Esel

    Bewertung

    Registriert am
    07.07.2007

    Ort
    Osterode / Göttingen

    Beiträge
    15.872

    Danke
    Danke gesagt 155   Danke erhalten 1.724

    #8

    Standard erster Überblick zum Projektfortschritt

    Ein erster Zwischenbericht des Projekts, nun auch in einem eigenen Thread:

    Fortschrittsbericht vom 04.12.2020
    Hallo zusammen!

    Hier ist ein Überblick der bisherigen Arbeit.

    Erstens haben wir die Bindung von 48% der Liganden-Datenbank an das erste Ziel, 3CL Pro, simuliert. 480 Millionen kleine Moleküle wurden in silico getestet. Das ist gute Arbeit! Jetzt machen wir weiter, um eine Abdeckung von 100% der Datenbank zu erreichen.
    Das virtuelle Screening ist eine komplexe Prozedur, welche die Nachbearbeitung von Ergebnissen beinhaltet, von denen einige redundant sind. Der nächste wichtige Schritt wird die Verarbeitung der Ergebnisse und das Untersuchen des von ihnen repräsentierten chemischen Unterraums sein. Es ist wichtig zu verstehen, wie die Bindungsqualität über den Datensatz verteilt ist. Danach wird unser Team effizientere Filterregeln entwickeln.

    Zweitens wird das nächste Bindungsziel vorbereitet. Insgesamt sind im Zusammenhang mit SARS-CoV-2 59 Ziele zu untersuchen.

    Drittens wurde das neue Bindungssimulationsprogramm CurieMarieDock auf Basis von RxDock entwickelt. Es ist optimiert und läuft schneller. Versionen für Windows, macOS und Linux wurden veröffentlicht. Eine ARM-Version ist in Vorbereitung.

    Es ist faszinierend, mit euch allen zu arbeiten! Vielen Dank für eure Teilnahme! Schönes Wochenende.

    Mit freundlichen Grüßen,
    Natalia
    04.12.2020, 19:18:08 MEZ

    Originaltext:
    Zitat Zitat von https://fightcovid.boinc.ru/sidocktest/forum_thread.php?id=42
    2020-12-04: progress report
    Hello everyone!

    Here is an overview of the work done so far.

    Firstly, we have docked 48% of the ligands database to the first target, 3CL Pro. 480 million small molecules were tested in silico. This is a great job! Now we move on to cover 100% of the database.
    Virtual screening is a complex procedure that includes post-processing of results, some of them redundant. So the next important step will be processing of the results and studying the chemical subspace they represent. It is important to understand how are the docking scores divided in the dataset. Then our team will develop more efficient filtering rules.

    Secondly, the next target for docking is being prepared. Overall, there are 59 targets related to SARS-CoV-2 to investigate.

    Thirdly, the new docking software CurieMarieDock has been developed as a fork of RxDock. It is optimised and runs faster. Windows, MacOS and Linux versions are released. ARM version is being prepared.

    It is fascinating to work with all of you! Thank you for participating! Have a nice weekend.

    With best wishes,
    Natalia
    4 Dec 2020, 18:18:08 UTC
    Gruß
    Patrick

    "Zusammenkommen ist ein Beginn, Zusammenbleiben ein Fortschritt, Zusammenarbeiten ein Erfolg." [H. Ford]

  9. Avatar von lugu
    Titel
    Gold Member

    Bewertung

    Registriert am
    23.02.2016

    Beiträge
    1.060

    Danke
    Danke gesagt 32   Danke erhalten 0

    #9

    Standard

    Das Projekt wird wohl bald produktiv und kriegt dann auch eine neue URL. WUs gibt es hier derzeit keine mehr.
    Hauptrechner: i7-6700K @ 4.00 GHz | GeForce GTX 1080 | 16 GB DDR4 | Windows 10 | BOINC 7.14.2
    Nebenrechner: i3-7300 @ 4.00 GHz | GeForce GTX 1050 Ti | 8 GB DDR4 | Windows 10 | BOINC 7.8.3
    Nebenrechner: i3-6100 @ 3.70 GHz | Intel HD Graphics 530 | 8 GB DDR4 | Windows 10 | BOINC 7.6.33
    Statistiken | Badges

  10. Avatar von taurec
    Titel
    ist hier zu Hause

    Bewertung

    Registriert am
    30.06.2008

    Ort
    Allerorten

    Beiträge
    4.111

    Danke
    Danke gesagt 220   Danke erhalten 55

    #10

    Standard

    Das Projekt ist nun produktiv:

    https://www.sidock.si/sidock

    Accounts und Credits vom Testing wurden lt. Meldung übernommen. Ich konnte problemlos hinzufügen.

  11. Avatar von lugu
    Titel
    Gold Member

    Bewertung

    Registriert am
    23.02.2016

    Beiträge
    1.060

    Danke
    Danke gesagt 32   Danke erhalten 0

    #11

    Standard

    Und Teilnehmer-Badges für das Testprojekt gibt es auch:

    Klicken Sie auf die Grafik für eine größere Ansicht 

Name:	badge_vitamin-c.png 
Hits:	2 
Größe:	18,9 KB 
ID:	7360
    Hauptrechner: i7-6700K @ 4.00 GHz | GeForce GTX 1080 | 16 GB DDR4 | Windows 10 | BOINC 7.14.2
    Nebenrechner: i3-7300 @ 4.00 GHz | GeForce GTX 1050 Ti | 8 GB DDR4 | Windows 10 | BOINC 7.8.3
    Nebenrechner: i3-6100 @ 3.70 GHz | Intel HD Graphics 530 | 8 GB DDR4 | Windows 10 | BOINC 7.6.33
    Statistiken | Badges

  12. Avatar von pschoefer
    Titel
    Esel

    Bewertung

    Registriert am
    07.07.2007

    Ort
    Osterode / Göttingen

    Beiträge
    15.872

    Danke
    Danke gesagt 155   Danke erhalten 1.724

    #12

    Standard produktive Phase unter neuer Adresse gestartet

    Hier noch die Übersetzung der Ankündigung für den Blog. Den Threadtitel habe ich dann auch einmal entsprechend angepasst.

    Produktives Projekt
    Liebe Teilnehmer!

    Wir freuen uns, den Start des produktiven Projekts bekanntzugeben!

    Die Projektadresse lautet https://www.sidock.si/sidock.

    Wir haben die Datenbank übernommen, sodass keine Punkte verloren gingen. Das gilt auch für das Forum, ihr könnt auf https://www.sidock.si/sidock/forum_index.php weiterschreiben.

    Ein besonderes Abzeichen wurde an alle vergeben, die an der Testphase teilgenommen haben. Lasst uns mit der Anreicherung mit Vitaminen beginnen!

    Mit freundlichen Grüßen,
    Natalia und hoarfrost
    17.12.2020, 11:27:12 MEZ

    Originaltext:
    Zitat Zitat von https://fightcovid.boinc.ru/sidocktest/forum_thread.php?id=47
    Production project
    Dear participants!

    We are happy to announce the start of production project!

    The project's URL is https://www.sidock.si/sidock.

    We have transfered the database, so the credits are not lost. The forum too: you can continue on https://www.sidock.si/sidock/forum_index.php.

    A special badge was awarded to everyone who took part in project's testing phase. Let's start the vitaminization!

    With best wishes,
    Natalia and hoarfrost
    17 Dec 2020, 10:27:12 UTC
    Gruß
    Patrick

    "Zusammenkommen ist ein Beginn, Zusammenbleiben ein Fortschritt, Zusammenarbeiten ein Erfolg." [H. Ford]

  13. Avatar von KidDoesCrunch
    Titel
    Gold Member

    Bewertung

    Registriert am
    23.01.2011

    Ort
    Colonia Claudia Ara Agrippinensium

    Beiträge
    2.226

    Danke
    Danke gesagt 9   Danke erhalten 5

    #13

    Standard

    Zitat Zitat von lugu Beitrag anzeigen
    Und Teilnehmer-Badges für das Testprojekt gibt es auch:

    Klicken Sie auf die Grafik für eine größere Ansicht 

Name:	badge_vitamin-c.png 
Hits:	2 
Größe:	18,9 KB 
ID:	7360
    Schade Verpasst.
    [myNumbers] || [myBadges]
    KIVA: Eintritt 2016/09 || 2016=204 || 2017=406 || 2018=693 || 2019=844 || 2020=660 || 2021=(target=696) || 2021 Team-Target 66,6K ||

  14. Avatar von bossmaniac
    Titel
    Senior Member

    Bewertung

    Registriert am
    16.06.2012

    Beiträge
    418

    Danke
    Danke gesagt 0   Danke erhalten 3

    #14

    Standard

    Done. Vitamine C
    To bodly crunch what no man has crunched before...
    http://stats.free-dc.org/cpidtagb.ph...heme=14&cols=3

  15. Avatar von JayPi
    Titel
    ist hier zu Hause

    Bewertung

    Registriert am
    08.07.2007

    Ort
    Kölle am Rhing

    Beiträge
    2.712

    Danke
    Danke gesagt 15   Danke erhalten 5

    #15

    Standard

    Seit heute ist das Projekt auch bei Boincstats vertreten und hier unser Team.

  16. Avatar von JayPi
    Titel
    ist hier zu Hause

    Bewertung

    Registriert am
    08.07.2007

    Ort
    Kölle am Rhing

    Beiträge
    2.712

    Danke
    Danke gesagt 15   Danke erhalten 5

    #16

    Standard

    WUProp hat von der Änderung des Projektnamens gestern nichts mitbekommen und führt sidock und SiDock@home als 2 verschiedene Projekte.

  17. Avatar von Rainer Baumeister
    Titel
    Gold Member

    Bewertung

    Registriert am
    04.07.2007

    Ort
    Hagen/Westfalen

    Beiträge
    1.891

    Danke
    Danke gesagt 78   Danke erhalten 98

    #17

    Standard

    Moin,
    so ganz rund läuft die Anmeldung innerhalb des Boinc-Manager unter Linux noch nicht.
    Bekam eine englische Meldung, die ich leider auch nicht kopieren konnte.
    Habe mich dann händisch auf der Projekt-Seite mit dem Code angemeldet und dann klappte es mit dem Manager.

    Gruß, Rainer
    Ryzen 3700X mit RTX2070 mit Mint-Tricia auf Asrock X470 Taichi mit 2x 16GB 3200
    Ryzen 1700 mit GTX1070ti mit Mint-Tricia auf Asrock X370 Taichi mit 2x 16GB 2933
    Laptop i5 2430M mit Mint-Tricia und
    4x Odroid XU4 mit Linux, Odroid H2+ Mint, sowie Handys und Tablet

  18. Avatar von AxelS
    Titel
    Gold Member

    Bewertung

    Registriert am
    28.12.2007

    Beiträge
    1.892

    Danke
    Danke gesagt 236   Danke erhalten 0

    #18

    Standard

    Das Vitamin C Badge zwar nicht bekommen, aber dafür 100k erreicht und sogar erheblich überschritten.

  19. Avatar von XSmeagolX
    Titel
    Administrator

    Bewertung

    Registriert am
    10.11.2009

    Ort
    Hessen

    Beiträge
    6.641

    Danke
    Danke gesagt 141   Danke erhalten 989

    #19

    Standard

    Ich habe das Projekt mal in die SG-Stats integriert

    https://stats.seti-germany.de/teamst...ojectid=sidock

    Ab 10:00 Uhr müssten dann auch erste Daten vorhanden sein.

    - - - Aktualisiert - - -

    So... aber nun ab 13:00 Uhr...
    Hatte einen Fehler in der URL in die DB eingetragen...
    Nicht alles was der Kopf denkt, muss der Mensch auch umsetzen.
    Man muss auch mal Nein zu sich selbst sagen, zur Not übe es
    ...
    ------
    Meine Homepage :: Meine Gedichte :: Meine Stats :: Meine laufenden WU's :: Statistiken rund um unser Team SETI.Germany

  20. Avatar von pschoefer
    Titel
    Esel

    Bewertung

    Registriert am
    07.07.2007

    Ort
    Osterode / Göttingen

    Beiträge
    15.872

    Danke
    Danke gesagt 155   Danke erhalten 1.724

    #20

    Standard kurze Unterbrechung nach erstem Etappenziel

    Kurz vor Jahresende wurden die letzten WUs zum Bindungsziel 3CL Pro verschickt, neue WUs zum nächsten Bindungsziel folgen in ein paar Tagen.

    Fertigstellung des ersten Bindungsziels (3CLpro_v3) und Unterbrechung der WU-Versorgung
    Hallo Leute!

    Wir haben heute den letzten Satz Aufgaben für das erste Bindungsziel, das Protein "corona 3CL pro v3", erzeugt. Außerdem haben wir einen zusätzlichen Satz Aufgaben mit Namen wie "corona_3CLpro_v3_ext_nb3di_0000493_2_replica" erzeugt. Diese sind Kopien von bereits gecrunchten Aufgaben, die zu Testzwecken noch einmal gerechnet werden - um weitere Möglichkeiten zum Validieren der Ergebnisse auszuloten. In den nächsten paar Tagen wird das Projekt keine neuen Aufgaben haben, aber das nächste Bindungsziel und neue Aufgaben kommen bald!

    Danke für eure Teilnahme und ein frohes neues Jahr! 2021 steht vor der Tür!
    30.12.2020, 23:46:02 MEZ

    Originaltext:
    Zitat Zitat von https://www.sidock.si/sidock/forum_thread.php?id=65
    First target (3CLpro_v3) completion and outage of work
    Hi folks!

    Today we generated the last set of tasks for first target - "corona 3CL pro v3" protein. Also we generated additional set of tasks named like "corona_3CLpro_v3_ext_nb3di_0000493_2_replica". This is replica of tasks that we crunch previously and they need for test purpose - for estimate of possible methods of additional validation of results. In next few days project run out of tasks, but next target and tasks is coming soon!

    Thank you for participation and Happy New Year! 2021 is coming!
    30 Dec 2020, 22:46:02 UTC
    Gruß
    Patrick

    "Zusammenkommen ist ein Beginn, Zusammenbleiben ein Fortschritt, Zusammenarbeiten ein Erfolg." [H. Ford]

  21. Avatar von HJL
    Titel
    Gold Member

    Bewertung

    Registriert am
    19.12.2009

    Ort
    weit im Süden

    Beiträge
    2.162

    Danke
    Danke gesagt 62   Danke erhalten 24

    #21

    Standard

    SiDock sendet wieder !
    hl

  22. Avatar von nexiagsi16v
    Titel
    Gold Member

    Bewertung

    Registriert am
    05.12.2014

    Beiträge
    2.253

    Danke
    Danke gesagt 22   Danke erhalten 0

    #22

    Standard

    Hab mich mal angemeldet und muss sagen, von dem Systemresourcen ein recht entspanntes Projekt. Da kann man auch älter/langsame Rechner drauf ansetzen. Mein Asus Laptop mit B940 CPU kommt damit gut klar. Hat er nun auch wieder etwas zum crunchen.
    Ciao Norman

    Ryzen 5 3600 @4GHz, 3x RX 5700, 32GB DDR4//FX8370 @4GHz, 16GB DDR3 1600, RX 470 + R9 270X// Dauercruncher i3 8300, 8GB RAM // Läppi B940 @2GHz

  23. Avatar von HJL
    Titel
    Gold Member

    Bewertung

    Registriert am
    19.12.2009

    Ort
    weit im Süden

    Beiträge
    2.162

    Danke
    Danke gesagt 62   Danke erhalten 24

    #23

    Standard

    Vitamin E soll ja auch ganz gesund sein ...

    Klicken Sie auf die Grafik für eine größere Ansicht 

Name:	badge_vitamin-e.png 
Hits:	4 
Größe:	14,8 KB 
ID:	7406
    hl

  24. Avatar von marodeur6
    Titel
    Boincaholic

    Bewertung

    Registriert am
    23.06.2007

    Ort
    Bad Homburg bei Frankfurt

    Beiträge
    3.906

    Danke
    Danke gesagt 95   Danke erhalten 794

    #24

    Standard

    Hm, bei mir kommen keine WUs mehr an, obwohl der Server sagt, es gäbe noch welche...
    Liebe Grüße Jörg

    "Woher soll ich wissen, was ich denke, bevor ich höre was ich sage?" nach Edward Foster
    marodeur6, UotD

  25. Avatar von pschoefer
    Titel
    Esel

    Bewertung

    Registriert am
    07.07.2007

    Ort
    Osterode / Göttingen

    Beiträge
    15.872

    Danke
    Danke gesagt 155   Danke erhalten 1.724

    #25

    Standard

    Ich bekam über Nacht auch nichts, seit etwa 8 Uhr geht es wieder.
    Gruß
    Patrick

    "Zusammenkommen ist ein Beginn, Zusammenbleiben ein Fortschritt, Zusammenarbeiten ein Erfolg." [H. Ford]

Berechtigungen

  • Neue Themen erstellen: Nein
  • Themen beantworten: Nein
  • Anhänge hochladen: Nein
  • Beiträge bearbeiten: Nein
  •  
Single Sign On provided by vBSSO