SiDock@home

[pschoefer]

Das Team hinter RakeSearch hat mit SiDock@home test eine BOINC-kompatible Erweiterung des slowenischen Projekts COVID.SI aufgesetzt, das nach Liganden für SARS-CoV-2 sucht. Anwendungen sind derzeit für die 64-Bit-Varianten von Windows (benötigt Visual C++ 2019 Redistributable für Visual Studio 2019) und Linux verfügbar, die WU-Versorgung ist noch nicht stetig (es steht nicht umsonst test im Projektnamen).

Projekt-Adresse: http://188.68.219.141/sidocktest/
Teambeitritt: http://188.68.219.141/sidocktest/tea..._form.php?id=8

Zur Anmeldung über die Projektseite wird der dort genannte Einladungscode Crunch_4Science benötigt.

[Urs]

Habe folgende Meldung erhalten:

sidocktest: Notice from BOINC
This project is using an old URL. When convenient, remove the project, then add https://fightcovid.boinc.ru/sidocktest/
07.11.2020 21:42:43

.ru ist Russland. Also kein Slovenisches Projekt mehr?

Bis jetzt unter win10 nur Errors!

[Stiwi]

Habe folgende Meldung erhalten:

sidocktest: Notice from BOINC
This project is using an old URL. When convenient, remove the project, then add https://fightcovid.boinc.ru/sidocktest/
07.11.2020 21:42:43

.ru ist Russland. Also kein Slovenisches Projekt mehr?

Bis jetzt unter win10 nur Errors!

Das Boinc-Projekt wrapped ja nur das original Projekt und denke das original Projekt ist in Slowenien und die Betreiber des Boinc Projekts kommen aus Russland.

Die Berechnungsfehler kommen wahrscheinlich deswegen:

Windows application requires the Microsoft Visual C++ Redistributable for Visual Studio 2019.

[DerLetzteGermane]

Ich habe einige SiDock@home WU gerechnet aber in boincstats wird es nicht angezeigt. Fehler hatte ich keine alles gut unter Windows 10 gelaufen.

[HJL]

Ich habe einige SiDock@home WU gerechnet aber in boincstats wird es nicht angezeigt. Fehler hatte ich keine alles gut unter Windows 10 gelaufen.

ist in BOINC-Stats und Free-DC noch nicht integriert ..

[pschoefer]

Die Betreiber der Stats-Seiten wissen schon Bescheid, das Projekts exportiert aber schlicht noch keine XML-Stats, die sie abrufen könnten. Das wird sich erst ändern, wenn der Testbetrieb abgeschlossen ist.

[DerLetzteGermane]

Thanks for the update.

[pschoefer]

Ein erster Zwischenbericht des Projekts, nun auch in einem eigenen Thread:

Fortschrittsbericht vom 04.12.2020
Hallo zusammen!

Hier ist ein Überblick der bisherigen Arbeit.

Erstens haben wir die Bindung von 48% der Liganden-Datenbank an das erste Ziel, 3CL Pro, simuliert. 480 Millionen kleine Moleküle wurden in silico getestet. Das ist gute Arbeit! Jetzt machen wir weiter, um eine Abdeckung von 100% der Datenbank zu erreichen.
Das virtuelle Screening ist eine komplexe Prozedur, welche die Nachbearbeitung von Ergebnissen beinhaltet, von denen einige redundant sind. Der nächste wichtige Schritt wird die Verarbeitung der Ergebnisse und das Untersuchen des von ihnen repräsentierten chemischen Unterraums sein. Es ist wichtig zu verstehen, wie die Bindungsqualität über den Datensatz verteilt ist. Danach wird unser Team effizientere Filterregeln entwickeln.

Zweitens wird das nächste Bindungsziel vorbereitet. Insgesamt sind im Zusammenhang mit SARS-CoV-2 59 Ziele zu untersuchen.

Drittens wurde das neue Bindungssimulationsprogramm CurieMarieDock auf Basis von RxDock entwickelt. Es ist optimiert und läuft schneller. Versionen für Windows, macOS und Linux wurden veröffentlicht. Eine ARM-Version ist in Vorbereitung.

Es ist faszinierend, mit euch allen zu arbeiten! Vielen Dank für eure Teilnahme! Schönes Wochenende.

Mit freundlichen Grüßen,
Natalia
04.12.2020, 19:18:08 MEZ

Originaltext:

2020-12-04: progress report
Hello everyone!

Here is an overview of the work done so far.

Firstly, we have docked 48% of the ligands database to the first target, 3CL Pro. 480 million small molecules were tested in silico. This is a great job! Now we move on to cover 100% of the database.
Virtual screening is a complex procedure that includes post-processing of results, some of them redundant. So the next important step will be processing of the results and studying the chemical subspace they represent. It is important to understand how are the docking scores divided in the dataset. Then our team will develop more efficient filtering rules.

Secondly, the next target for docking is being prepared. Overall, there are 59 targets related to SARS-CoV-2 to investigate.

Thirdly, the new docking software CurieMarieDock has been developed as a fork of RxDock. It is optimised and runs faster. Windows, MacOS and Linux versions are released. ARM version is being prepared.

It is fascinating to work with all of you! Thank you for participating! Have a nice weekend.

With best wishes,
Natalia
4 Dec 2020, 18:18:08 UTC

[lugu]

Das Projekt wird wohl bald produktiv und kriegt dann auch eine neue URL. WUs gibt es hier derzeit keine mehr.

[taurec]

Das Projekt ist nun produktiv:

https://www.sidock.si/sidock

Accounts und Credits vom Testing wurden lt. Meldung übernommen. Ich konnte problemlos hinzufügen.

[lugu]

Und Teilnehmer-Badges für das Testprojekt gibt es auch:

[pschoefer]

Hier noch die Übersetzung der Ankündigung für den Blog. Den Threadtitel habe ich dann auch einmal entsprechend angepasst.

Produktives Projekt
Liebe Teilnehmer!

Wir freuen uns, den Start des produktiven Projekts bekanntzugeben!

Die Projektadresse lautet https://www.sidock.si/sidock.

Wir haben die Datenbank übernommen, sodass keine Punkte verloren gingen. Das gilt auch für das Forum, ihr könnt auf https://www.sidock.si/sidock/forum_index.php weiterschreiben.

Ein besonderes Abzeichen wurde an alle vergeben, die an der Testphase teilgenommen haben. Lasst uns mit der Anreicherung mit Vitaminen beginnen!

Mit freundlichen Grüßen,
Natalia und hoarfrost
17.12.2020, 11:27:12 MEZ

Originaltext:

Production project
Dear participants!

We are happy to announce the start of production project!

The project's URL is https://www.sidock.si/sidock.

We have transfered the database, so the credits are not lost. The forum too: you can continue on https://www.sidock.si/sidock/forum_index.php.

A special badge was awarded to everyone who took part in project's testing phase. Let's start the vitaminization!

With best wishes,
Natalia and hoarfrost
17 Dec 2020, 10:27:12 UTC

[KidDoesCrunch]

Und Teilnehmer-Badges für das Testprojekt gibt es auch:

Schade Verpasst.

[bossmaniac]

Done. Vitamine C

[JayPi]

Seit heute ist das Projekt auch bei Boincstats vertreten und hier unser Team.

[JayPi]

WUProp hat von der Änderung des Projektnamens gestern nichts mitbekommen und führt sidock und SiDock@home als 2 verschiedene Projekte.

[Rainer Baumeister]

Moin,
so ganz rund läuft die Anmeldung innerhalb des Boinc-Manager unter Linux noch nicht.
Bekam eine englische Meldung, die ich leider auch nicht kopieren konnte.
Habe mich dann händisch auf der Projekt-Seite mit dem Code angemeldet und dann klappte es mit dem Manager.

Gruß, Rainer

[AxelS]

Das Vitamin C Badge zwar nicht bekommen, aber dafür 100k erreicht und sogar erheblich überschritten.

[XSmeagolX]

Ich habe das Projekt mal in die SG-Stats integriert

https://stats.seti-germany.de/teamst...ojectid=sidock

Ab 10:00 Uhr müssten dann auch erste Daten vorhanden sein.

- - - Aktualisiert - - -

So... aber nun ab 13:00 Uhr...
Hatte einen Fehler in der URL in die DB eingetragen...

[pschoefer]

Kurz vor Jahresende wurden die letzten WUs zum Bindungsziel 3CL Pro verschickt, neue WUs zum nächsten Bindungsziel folgen in ein paar Tagen.

Fertigstellung des ersten Bindungsziels (3CLpro_v3) und Unterbrechung der WU-Versorgung
Hallo Leute!

Wir haben heute den letzten Satz Aufgaben für das erste Bindungsziel, das Protein "corona 3CL pro v3", erzeugt. Außerdem haben wir einen zusätzlichen Satz Aufgaben mit Namen wie "corona_3CLpro_v3_ext_nb3di_0000493_2_replica" erzeugt. Diese sind Kopien von bereits gecrunchten Aufgaben, die zu Testzwecken noch einmal gerechnet werden - um weitere Möglichkeiten zum Validieren der Ergebnisse auszuloten. In den nächsten paar Tagen wird das Projekt keine neuen Aufgaben haben, aber das nächste Bindungsziel und neue Aufgaben kommen bald!

Danke für eure Teilnahme und ein frohes neues Jahr! 2021 steht vor der Tür!
30.12.2020, 23:46:02 MEZ

Originaltext:

First target (3CLpro_v3) completion and outage of work
Hi folks!

Today we generated the last set of tasks for first target - "corona 3CL pro v3" protein. Also we generated additional set of tasks named like "corona_3CLpro_v3_ext_nb3di_0000493_2_replica". This is replica of tasks that we crunch previously and they need for test purpose - for estimate of possible methods of additional validation of results. In next few days project run out of tasks, but next target and tasks is coming soon!

Thank you for participation and Happy New Year! 2021 is coming!
30 Dec 2020, 22:46:02 UTC

[HJL]

SiDock sendet wieder !

[nexiagsi16v]

Hab mich mal angemeldet und muss sagen, von dem Systemresourcen ein recht entspanntes Projekt. Da kann man auch älter/langsame Rechner drauf ansetzen. Mein Asus Laptop mit B940 CPU kommt damit gut klar. Hat er nun auch wieder etwas zum crunchen.

[HJL]

Vitamin E soll ja auch ganz gesund sein ...

[marodeur6]

Hm, bei mir kommen keine WUs mehr an, obwohl der Server sagt, es gäbe noch welche...

[pschoefer]

Ich bekam über Nacht auch nichts, seit etwa 8 Uhr geht es wieder.