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Docking@Home

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Docking@Home
Docking@Home
Ziel:Erforsche und optimiere Medikamente (z.B. gegen HIV)
Kategorie:Medizin
Homepage:http://docking.cis.udel.edu/
Betreiber:University of Delaware, The Scripps Research Institute, and the University of California - Berkeley Vereinigte Staaten von Amerika
Status:inaktiv/beendet
Projektadressen
Serverstatus:Docking@Home
Forum:Docking@Home Forum
SETI.Germany
Team-Statistik:Docking@Home
Teambeitritt:SETI.Germany beitreten
Forenthread:SETI.Germany Forum
Workunit
Frist:1 Woche
Laufzeit:
  • 2h 30min / 3h bis 4h / 4h
    (E8500 / i7-860 / i7-920 [alle i7 mit HT])
  • ca. 3 Stunden
    (Notebook Inspiron 1501 von Dell mit einem AMD Prozessor - Sempron 3500 und 1,80 GHz Kapazität)
Erster Download:8,1 MB
Download:220 kB (4 Dateien)
Upload:1,16 MB
Arbeitsspeicher:ca. 32 MB
Betriebssysteme:Linux 32 Bit Linux 64 Bit Windows 32 Bit Windows 64 Bit
Bildschirmschoner:Vorhanden
Checkpoints:Vorhanden

Docking@Home hilft dabei, neue Medikamente zu entwickeln.

Bevor neu entwickelte Medikamente im Labor getestet werden können, müssen die Wissenschaftler Molekularmodelle entwickeln und deren Interaktionen untereinander testen. Dies wird Docking genannt. Die Kombinationsmöglichkeiten von Molekülen sowie deren Bindungen sind nahezu unendlich groß. Deshalb sind für diese Molekularmodelle jeweils sehr große Computerkapazitäten notwendig, die Docking@Home durch die Unterstützung von weltweit tausenden von Homecomputern zur Verfügung stellen kann.

Es wird versucht das Andocken von Wirkstoffmolekülen (Liganden) an Proteinen zu simulieren. Mit Hilfe der Computersimulation soll eine Vorauswahl von Molekülen getroffen werden, welche wahrscheinlich die besten Voraussetzungen (die stabilste Bindung des Protein-Liganden-Komplexes) besitzt.
Ziel des Projekts ist ein besseres Verständnis der Protein-Ligand-Interaktionen auf molekularer Basis, sowie die Suche nach Wirkstoffen, die durch ihr „Andocken“ krankheitsrelevante Proteine verändern.


nicht unterstützte Hardware bzw. Probleme bei Berechnung

Bei Bestimmten Hard- und Software Kombinationen kann es Probleme bei den Berechnungen geben.

Die WUs starten und verursachen scheinbar Prozessorlast, die Fortschrittsanzeige bleibt bei 0 stehen, trotz anhalten des Projekts werden die Kerne weiter blockiert und können nicht für andere Projekte benutzt werden. Ein anhalten des Docking Projekts und Neustart des Systems erlaubt wieder andere Projekte zu rechnen.

Dieses Phänomen taucht anscheinend nur bei der Kombination Windows7 32/64 Bit und einige Intel CPUs auf.


Hier eine Liste der CPUs bei denen es Probleme geben könnte aber nicht muss (Stand 6.03.2013).

Intel Celeron E3300 [Family 6 Model 23 Stepping 10]
Intel Core 2 Duo E7400 [Family 6 Model 23 Stepping 10]
Intel Core 2 Duo E8400 [E0-Stepping]
Intel Core 2 Duo E8600 [Family 6 Model 23 Stepping 10]
Intel Core 2 Duo SL9400 [Family 6 Model 23 Stepping 10]
Intel Core 2 Quad Q9550 (E0-Stepping) [Family 6 Model 23 Stepping 10]
Intel Core 2 Quad Q9650 [Family 6 Model 23 Stepping 10]
Intel Pentium Dual Core T4300 [Family 6 Model 23 Stepping 10]
Intel Pentium Dual Core SU4100 [Family 6 Model 23 Stepping 10]
Intel Pentium Dual Core E6300 [Family 6 Model 23 Stepping 10]
Intel Pentium Dual Core E6600 [Family 6 Model 23 Stepping 10]
Intel Xeon E5405 [Family 6 Model 23 Stepping 10] (BS: Windows Server 2008 "R2")

Ein Thread zu dem Problem ist im Docking@Home Forum zu finden hier (englisch).

Weblinks

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