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GPUGrid Forschungsergebnisse

Aus SETI.Germany Wiki

Auf dieser Seite findet ihr Informationen und Links zu Beiträgen und Videos betreffend GPUGRID Forschungsergebnisse.


Informationsquellen über GPUGrid-Forschungsergebnisse

Publikationen

Die Ergebnisse der Berechnungen des GPUGRID werden gemeinfrei zur Verfügung gestellt. Unter dem folgenden Link sind die in Zusammenhang mit GPUGRID stehenden Veröffentlichungen genannt:

Einige Dokumente stehen unter dem genannten Link auch als PDF-Datei zum Download bereit.


Webseite des GPUGrid

Weitere Informationen sind auf der Webseite des GPUGRID abrufbar: Neben technischen Neuigkeiten werden auch neue Forschungsergebnisse in der News-Sektion des GPUGRID-Forums veröffentlicht:

In der Wissenschafts-Sektion der Webseite können Informationen zu den Teilprojekten des GPUGRID sowie erklärende Videos und Publikationen abgerufen werden:


Forschungsergebnisse der Teilprojekte des GPUGRID (Auswahl)

Simulation der „wide-open“ Konformation der HIV-1 Protease

Mit Hilfe molekulardynamischer Simulationen werden alle bekannten Konformationen der HIV-1-Protease mit dem Ziel untersucht, neue Angriffspunkte für den Einsatz antiviraler Medikamente gegen HIV-1 zu finden. Die mehrfache Simulation der "wide open" Konformation führte zur Entdeckung eines neuen Angriffspunktes für Anti-HIV-1-Medikamente. Diese Position ist in folgender Abbildung blau gekennzeichnet:


HIV 1 wideopen.png

Wissenschaftliche Beschreibungen des Vorgehens im Forschungsprojekt einschließlich der Zwischenergebnisse wurden in diesem Dokument veröffentlicht (engl.):


Molekulare Simulationen der Proteindomäne SH2 und der Bindungsaffinität von Peptid-Liganden

Mindestens eines der ersten 750 untersuchten Peptid-Liganden zeigte eine hohe Bindungsaffifität und konnte in der Simulation an ein Protein der SH-Domäne gebunden werden. Es handelt sich um das Ligand "pYEEI" (Tyrosine, 2x Glutaminsäure und Isoleucin). Dies ist das kürzeste Ligand, das an ein Protein der SH2-Domäne angebunden werden kann.

GPUGrid free Ligand.png


Die erfolgreiche Simulation wurde in einem Video veranschaulicht:

Dieser Erfolg ist ein erster Schritt zur Entwicklung eines Sytems, mit dem Bindungsaffinitäten zwischen verschiedenen Proteinen berechnet werden können. Die Simulationen zur erfolgreichen Anbindung werden mehrfach wiederholt, um noch mehr Parameter für eine hohe Bindungsaffinität zu berechnen. Außerdem werden die Simulationen mit längeren Peptid-Liganden fortgesetzt.

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