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SIMAP

Aus SETI.Germany Wiki

SIMAP
SIMAP
Ziel:Berechne Ähnlichkeiten zwischen Proteinen
Kategorie:Biologie
Homepage:http://boincsimap.org/boincsimap/
Betreiber:TU München und Uni Wien Österreich
Status:inaktiv/beendet
Projektadressen
Serverstatus:SIMAP
Forum:SIMAP Forum
SETI.Germany
Team-Statistik:SIMAP
Teambeitritt:SETI.Germany beitreten
Forenthread:SETI.Germany Forum
Workunits
HMMER Mehr Informationen einblenden
Frist:7 Tage
Laufzeit:
  • ca. 60 min
    (Phenom II X4 955 (3,2 GHz))
  • ca. 2:20h
    (-)
Erster Download:6,1 MB (Projektclient 1240 kB + 1 WU)
Download:5,8 MB
Upload:bis 700 kB
Arbeitsspeicher:< 75 MB
Betriebssysteme:Linux 32 Bit Linux 64 Bit Mac OS (Intel) Mac OS PowerPC Windows 32 Bit Windows 64 Bit
Bildschirmschoner:Nicht vorhanden
Checkpoints:Vorhanden

Die x86_64-Anwendung ist eine 32-Bit-Anwendung.

SIMAP Mehr Informationen einblenden
Frist:7 Tage
Laufzeit:
  • ca. 35 min
    (Phenom II X4 955 (3,2 GHz))
  • ca. 1:40h
    (-)
Erster Download:3 MB (Projektclient 348 kB + 1 WU)
Download:1,8 MB
Upload:bis 500 kB
Arbeitsspeicher:< 25 MB
Betriebssysteme:Android Linux 32 Bit Linux 64 Bit Mac OS (Intel) Mac OS PowerPC Windows 32 Bit Windows 64 Bit
Bildschirmschoner:Nicht vorhanden
Checkpoints:Vorhanden

Die x86_64-Anwendung ist eine 64-Bit-Anwendung.

In Ausnahmefällen kann der Upload deutlich über 10 MB betragen.

SIMAP (Similarity Matrix of Proteins) ist ein Projekt der Technischen Universität München und verwendet im Moment zwei unterschiedliche Applikationen. Die eine (SIMAP) berechnet Ähnlichkeiten zwischen Proteinen. Die andere (HMMER) sucht in den Proteinsequenzen nach Mustern, also den Bausteinen aus denen Proteine aufgebaut sind und die bestimmte Funktionen tragen.

Dieses Projekt ist zurzeit nicht als Hauptprojekt geeignet, da nur unregelmäßig (jeweils am Monatsanfang) ein größerer Schub WUs ausgegeben wird.

Erklärung der WU-Namen

Die Namen der WUs bei SIMAP haben das Format xxxxxxxx.yyyyyy_z.
xxxxxxxx ist der Batchname (siehe Batchmonitor).
yyyyyy ist die laufende Nummer der WUs in diesem Batch.
z gibt das Result an.

So ist z.B. 10020107.345497_0 das erste Result der 345497. WU aus Batch 10020107 (dem siebten Batch vom 01.02.2010).

Anwendungen zur manuellen Installation

Neben den vom Server automatisch verteilten Anwendungen (siehe Projektkasten rechts und Link 'Anwendungen' unten) bietet das Projekt eine große Zahl von Anwendungen unter anderem für ältere CPUs ohne SSE-Befehlssatz sowie für weitere Rechnerarchitekturen und Betriebssysteme. Diese müssen manuell installiert werden und stehen auf folgender Seite zum Download zur Verfügung: SIMAP and HMMER applications for i386 CPUs and UNIX (englisch)

Weblinks

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