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World Community Grid/Human Proteome Folding - Phase 2

Aus SETI.Germany Wiki

Human Proteome Folding - Phase 2
Human Proteome Folding - Phase 2
Ziel:Analysiere menschliche Proteine
Kategorie:Medizin
Hauptprojekt:World Community Grid
Homepage:http://www.worldcommunitygrid.org/
Betreiber:New York University Vereinigte Staaten von Amerika
Status:inaktiv/beendet
Projektadressen
Forum:Human Proteome Folding - Phase 2 Forum
SETI.Germany
Team-Statistik:Human Proteome Folding - Phase 2
Teambeitritt:SETI.Germany beitreten
Forenthread:SETI.Germany Forum
Workunit
Frist:10 Tage
Laufzeit:
  • 7 Stunden
    (i7 860)
Download:ca. 100 KB
Upload:ca. 200 KB
Arbeitsspeicher:bis 89 MB
Betriebssysteme:Linux 32 Bit Linux 64 Bit Mac OS (64 Bit) Mac OS (Intel) Windows 32 Bit Windows 64 Bit
Bildschirmschoner:Vorhanden
Checkpoints:Vorhanden

Human Proteome Folding - Phase 2 hat zwei Ziele: 1. detailliertere Analyse der Proteine, die sich im menschlichen Körper befinden. 2. Weiterentwicklung der Software zur besseren Strukturvorhersage von Proteinen (Rosetta-Software).

Proteine sind die Grundbausteine aller Zellen. Mit Hilfe der Proteinfaltung erhoffen sich die Forscher, Heilmittel gegen Krankheiten wie HIV, Malaria, Krebs und Alzheimer zu finden.

Das Projekt wird innerhalb des World Community Grids durchgeführt.

Projektstatus und Ergebnisse

Informationen über dieses Projekt sind auf den Webseiten unten und von den Projektwissenschaftlern auf der Human Proteome Folding – Phase 2 website bereitgestellt. Für den neusten Statusreport, gehen Sie bitte zum Human Proteome Folding – Phase 2 status report. Um dieses Projekt zu kommentieren oder Fragen darüber zu stellen, reichen Sie bitte ein Post in das Human Proteome Folding – Phase 2 Forum ein.

Statusberichte

Human Proteome Folding Phase 2 (HPF2) setzt dort fort, wo die erste Phase aufgehört hat.

Die zwei Hauptziele des Projektes sind:

  1. höhere Auflösungsstrukturen für spezifische menschliche Proteine und pathogene Proteine zu erreichen und
  2. ferner die Grenzen der Proteinstrukturvorhersage auskundschaften durch weitere Entwicklung der Rosettasoftwarestrukturvorhersage.

Demnach wird das Projekt zwei sehr wichtige parallele Notwendigkeiten, eine Biologische und eine Biophysikalische, ansprechen. Das Projekt, welches an dem Institut für Systembiologie begann und nun am New York Universitäts Department of Biology and Computer Science weitermacht, wird die Strukturen, mittels der Rosettasoftware in einer Weise, die für mehr atomare Detailliertheit beiträgt, verfeinern, die aus der ersten Phase des Projektes resultieren. Das Ziel der ersten Phase war die Proteinfunktion zu verstehen. Das Ziel der zweiten Phase ist die Auflösung der Vorhersagen für eine ausgewählte Untermenge von menschlichen Proteinen zu steigern. Eine bessere Auflösung ist wichtig für eine Anzahl an Applikationen, einschließlich aber nicht nur für die virtuelle Aussiebung von Medikamentenzielen mit Andockprozeduren und Proteindesign. Durch Betrieb einer Handvoll von gutstudierten Proteinen auf World Community Grid (wie Proteinen von Hefe), wird die zweite Phase auch dienen das Verständnis der Physik von Proteinstrukturen zu verbessern und erhöht das Hypermoderne in der Proteinstrukturvorhersage. Dies wird auch der Rosettaentwicklergemeinschaft helfen, um die Software weiterzuentwickeln und die Verlässlichkeit ihrer Vorhersagen.

HPF2 wird sich auf geheime, menschliche Proteine konzentrieren (Proteine im Blut und den Räumen zwischen den Zellen.) Diese Proteine können wichtig sein für die Signalwirkung zwischen den Zellen und sind oft Schlüsselmarkierer für Diagnosen. Diese Proteine stellten sich nämlich heraus nützlich wie Medikamente zu sein (wenn synthetisch und verschrieben von Doktoren an Leute mit einem Mangel dieser Proteine.) Beispiele von menschlichen verborgenen Proteinen wurden zur Therapeutik wie Insulin und das menschliche Wachstumshormon. Die Funktion von menschlichen, verborgenen Proteinen zu verstehen könnte Forschern helfen die Funktion von Proteinen unbekannter Funktion im Blut und anderen interstitiellen Flüssigkeiten zu entdecken. Das Projekt wird sich auch auf verborgene pathogene Schlüsselproteine konzentrieren. Noch während seiner frühen Aufbauphase wird HPF2 wahrscheinlich sich auf Plasmodium konzentrieren, der pathogene Agent der Malaria verursacht.

Forscher hoffen, dass höhere Auflösungsstrukturvorhersagen für die Proteine, die Malaria verbirgt, als bioinformatische Infrastruktur für Forscher dienen wird, welche um die ganze Welt hart arbeiten, um die komplexe Interaktion zwischen menschlichen Wirten und Malariaparasiten zu verstehen. Während da ein paar Silberkugeln sind und Biologie einer der kompliziertesten Themen auf der Erde ist, glauben Forscher, dass diese Arbeit helfen wird seine Elemente von dieser wirtpathogenen Interaktion oder mindestens seinen Komponenten zu verstehen. Forscher werden ihre Ergebnisse als eine Quelle der wissenschaftlichen Gemeinschaft anbieten und dann mit der Gemeinschaft an der Ideengestaltung, Verwendung und Verfeinerung der Daten arbeiten. Dieses Verständnis könnte dann eine Basis für Intervention sein. f Schließlich ist dieses Projekt mit Bemühungen an NYU und ISB verzahnt, um voraussagende, präventive und personalisierte Medizin zu unterstützen (In der Annahme, dass diese verborgenen Proteine Schlüsselelemente dieser Medizin der Zukunft sein werden.) Es ist zu früh zu sagen welche Proteine als Biomarker sich herausstellen werden. (Substanzen manchmal gefunden in einen gesteigerten Umfang im Blut, anderer Körperflüssigkeiten, oder Geweben und welche genutzt werden können um die Präsenz von manchen Typen von Krebs anzuzeigen.) Aber es ist klar, dass viele sich als geheime Proteine herausstellen werden. Wie in der ersten Phase des Projektes wird die Kraft des World Community Grids entscheidend sein die Ergebnisse rasch für die Forscher in der biologischen und biomedizinischen Gemeinschaft zu erlangen.

Statistik

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